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tximport
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108
的观点
Tximport到DESeq2的问题
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGene
DESeq2
tximport
5天前•2天前更新
zli1
•0
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83
的观点
当quant.sf文件有不同的索引文件时的TxImport
tximport
DESeq2
6周前
mprnl
•0
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135
的观点
tximport rowsum错误
tximport
•8周前更新
Ezgi
▴30
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93
的观点
DESeq2,输入归一化,归一化因子,尺寸因子
tximport
DESeq2
normalizationfactors
sizefactors
更新8周前由
迈克尔的爱
32k•8周前写的
svenbioinf
•0
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99
的观点
使用tximport的成对DESeq2(运行时和多线程)
tximport
DESeq2
更新于9周前
迈克尔的爱
32k•9周前写的
马库斯
•0
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157
的观点
关于转录本到基因ID的转换
大马哈鱼
tximport
DESeq2
•9周前更新
尼科莱·伊万诺夫
•0
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94
的观点
使用tximport将数据导入DESeq2管道
DESeq2
tximport
11周之前
尼科莱·伊万诺夫
•0
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88
的观点
tximport没有计数从丰使用ensdb . haspens .v86
大马哈鱼
EnsDb.Hsapiens.v86
tximport
3个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
56k•3个月前写的
TJ
•0
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7
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225
的观点
问题Tximport
tximportData
tximport
3个月前
agoesmartini
•0
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75
的观点
从RSEM导入预期计数文件时出错
RSEM
tximport
3个月前更新
迈克尔的爱
3个月前写的
木鱼
•0
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140
的观点
DESeq使用tximport后的抄本TPM
tximport
4个月前更新
迈克尔的爱
32k•写于4个月前
KIR_F
•0
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94
的观点
Tximport三文鱼bootstrap和edger/deseq2
tximport
4个月前更新
迈克尔的爱
32k•写于4个月前
忒弥斯
•0
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5
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207
的观点
sumizetogene正在删除转录本,如何调试
sumarizeToGene
tximport
4个月前更新
迈克尔的爱
32k•写于4个月前
aedavids
•0
5
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6
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307
的观点
利用方差稳定转化和tximport R包对原始RSEM基因表达进行转化估计
DESeq2
威仕特
rsem
tximport
5个月前
svlachavas
▴780
0
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96
的观点
如何使用tx导入输出丰文件
tximportData
tximport
5个月前更新
凯文Blighe
5个月前写的
朱莉
•0
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4
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209
的观点
tximport abundanceCol参数不能用于rsem数据
tximport
rsem
转录丰度
TPM
FPKM
6个月前更新
迈克尔的爱
32k•7个月前写的
m.metsger
•0
0
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1
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150
的观点
将RSEM数据导入DESeq2
deseq2
tximport
6个月前更新
迈克尔的爱
32k•写于6个月前
dequattro.concetta
▴10
1
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9
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226
的观点
问题:运行summarizeToGene() - RNA Seq Bioconductor管道时出错
tximeta
tximport
deseq2
7个月前更新
迈克尔的爱
32k•7个月前写的
anthony.nash
▴20
0
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8
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214
的观点
使用tximport导入RSEM
tximport
RSEM
导入错误
8个月前更新
迈克尔的爱
32k•8个月前写的
harelarik
▴50
2
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8
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549
的观点
哪个R版本是需要的txport包?
tximport
包
R版本
安装tximport
8个月前
harelarik
▴50
0
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5
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153
的观点
错误使用DRIMSeq鲑鱼计数数据
DRIMSeq
tximport
txdb
大马哈鱼
8个月前更新
迈克尔的爱
32k•8个月前写的
夏洛特
•0
2
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2
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146
的观点
DESeq2无丰富基质的RSEM
tximport
deseq2
rsem
9个月前更新
迈克尔的爱
32k•9个月前写的
le2336
▴20
1
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1
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92
的观点
用tximport将鲑鱼定量输入R时出现错误
deseq2
tximport
9个月前更新
迈克尔的爱
32k•9个月前写的
6月。
▴10
1
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2
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95
的观点
如何计算丰度
tximport
丰富
9个月前更新
迈克尔的爱
32k•9个月前写的
chendianyu
•0
2
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1
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133
的观点
Tximport samples.txt文件强制vs.可选的列名?
tximport
大马哈鱼
deseq2
9个月前更新
迈克尔的爱
32k•9个月前写的
AKSR
▴20
0
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4
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135
的观点
用来自tximport的亚型和基因水平数据绘制均值-方差趋势图
tximport
同种型
轰
9个月前更新
戈登•史密斯
写于9个月前
艾娜Hoeschele
▴610
5
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3.
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301
的观点
全长单细胞RNA-seq - tximport输出下游分析
tximport
修拉
Smart-Seq
Smart-Seq2
9个月前更新
迈克尔的爱
32k•9个月前写的
lshepard
▴40
1
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1
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99
的观点
使用txmeta指定tx2gene
tximeta
tximport
9个月前更新
迈克尔的爱
32k•9个月前写的
aimee.hanson
•0
1
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2
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119
的观点
肌肉和智人的RNA序列
tximeta
tximport
注释
9个月前更新
迈克尔的爱
32k•9个月前写的
guillaume.dachy
•0
1
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2
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116
的观点
tximport计数与TPM
tximport
TPM
10个月前更新
迈克尔的爱
32k•写于10个月前
艾娜Hoeschele
▴610
2
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127
的观点
DESeqDataSetFromTximport带和不带偏移量
deseq2
tximport
10个月前
伊戈尔
▴40
6
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2
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219
的观点
不推荐tximport + edgeR ?
tximport
刨边机
10个月前更新
迈克尔的爱
32k•写于10个月前
simon.michaelis88
•0
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106
的观点
组汇总计数的Tximport缺失值
tximport
老鼠
参考
GTF
大马哈鱼
10个月前
keremwai
•0
1
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6
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173
的观点
使用spike-in RNA对Tximport导入的鲑鱼计数进行归一化
deseq2
Tximport
Sizefactors
normalizationfactors
激增
10个月前更新
迈克尔的爱
32k•写于10个月前
hina.abbas.bandukwala
•0
2
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6
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261
的观点
如何运行tximport ?
tximport
10个月前更新
ATpoint
▴570•写于10个月前
sunnykevin97
•0
1
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1
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82
的观点
无法使用sample.info运行tximport ?
tximport
deseq2
刨边机
10个月前更新
迈克尔的爱
32k•写于10个月前
sunnykevin97
•0
0
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3.
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84
的观点
进口异构体丰度
tximport
10个月前更新
迈克尔的爱
32k•写于10个月前
艾娜Hoeschele
▴610
0
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88
的观点
tximport无法导入RSEM FPKM数据
tximport
10个月前更新
迈克尔的爱
32k•写于10个月前
137737756
•0
1
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1
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104
的观点
DEXSeq-DTU规范化建议- scaledTPM vs dtuScaledTPM
tximport
DEXSeq-DTU
DRIMSeq
10个月前更新
迈克尔的爱
32k•写于10个月前
aleksandar.baburski.g
•0
1
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3.
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108
的观点
RSEM和Tximport
RSEM
tximport
deseq2
10个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
56k•写于10个月前
pthom010
•0
2
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3.
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103
的观点
在Salmon上使用sparseMatrix在scaledTPM选项时出错
tximport
大马哈鱼
稀疏的
11个月前更新
迈克尔的爱
32k•写于11个月前
noorpratap
•0
0
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3.
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111
的观点
使用DESeq2协变量进行DEG分析的奇怪p值
deseq2
刨边机
大马哈鱼
tximport
11个月前更新
迈克尔的爱
32k•写于11个月前
iaradsouza1
•0
3.
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175
的观点
edgeR + tximport: calcNormFactors和偏移量的使用
刨边机
tximport
微分表达式
11个月前
hollandademello
•0
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411
的观点
使用从FireBrowse下载的DESeq2分析TCGA RSEM数据
deseq2
tximport
, tcga
rsem
firebrowse
11个月前更新
凯文Blighe
2.8k•写于11个月前
j•史密斯
•0
1
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7
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232
的观点
从RSEM期望计数:是否可能从表而不是文件导入?
tximport
limma
rnaseq
5周前更新
奥布里
•0•写于11个月前
Ahdee
▴50
3.
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3.
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126
的观点
无法从DESeq2分析中提取尺寸因子
deseq2
tximport
12个月前
zroger499
•0
1
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9
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537
的观点
导入Kallisto计数与tximport
tximport
Kallisto
H5Fopen
12个月前更新
迈克尔的爱
32k•写于12个月前
zroger499
•0
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4
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111
的观点
很难从现有的Salmon输出文件创建一个Txi对象来将文本文件转换为基因id TPM
大马哈鱼
tximport
tximportdata
运用
12个月前更新
迈克尔的爱
32k•写于12个月前
slouis
•0
0
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2
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89
的观点
为txport创建tx2gene对象时出现解析错误
tximport
GCF特性表
解析错误
染色体
12个月前更新
迈克尔的爱
32k•写于12个月前
knholm
•0
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0
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96
的观点
新闻:
导入alevin推论复制到R与tximport
tximport
新闻
13个月前
迈克尔的爱
32 k
40,655个结果页面
814年1
最近……
回复
注释:"dim<-"针对磁盘上的阵列
通过
引人入胜
•0
这将是很好的,如果重塑与增加尺寸的数量也可以添加为昏暗<-。' ' r mat <- array(runif(2*12), dim=c(…
注释:.csv文件的性列中的数据损坏
通过
twtoal
•0
Thanks.Thanks.Thanks。
答:.csv文件的“性”列中的数据损坏
通过
markus.riester
▴110
PureCN对样本性别做了两个独立的检查。如果他们同意,你看到的不是F就是M。如果不是,你会看到一个这样的字符串。“?”意味着……
注释:.csv文件的性列中的数据损坏
通过
twtoal
•0
我看到用户指南说:“覆盖率和VCF的性别不匹配:如果面板包含染色体Y的诱饵,那么间隔f…
如果输入太大,IRanges::findOverlapPairs不能接受
通过
迈克尔•劳伦斯
11 k
通常最简单的方法是平展窗口组列表,而不是使用一个因子来表示分组,就像在initi…
票
答:生成用于BatchQC的分位数规范化表达式值
答:生成用于BatchQC的分位数规范化表达式值
答:以GSEA为例进行警告
注释:警告GSEA的例子
答:在输出中绘制的PATHVIEW值不正确
奖
•所有
学者
来
亚伦Lun
★26 k
学者
来
markus.riester
▴110
受欢迎的问题
来
twtoal
•0
受欢迎的问题
来
戈登•史密斯
42 k
学者
来
迈克尔•劳伦斯
11 k
位置
•所有
日本,
21分钟前
WEHI,墨尔本,澳大利亚,
34分钟前
美国,
40分钟前
美国,
43分钟前
日本,
1小时前
流量:过去一小时内访问353个用户
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