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备注:DESeq2 1.20.0 lfcshrink功能
通过
迈克尔的爱
33 k
这似乎是一个情况,apeglm收缩比MLE效应大小的零假设测试更严格(即使使用lfcThresh…
答案:连接来自不同RNA-seq量化工具的表达计数
通过
迈克尔的爱
33 k
如果望远镜的计数不需要对基因长度进行额外的标准化,你可以采用' countsFromAbundance= '长度…
答:罗斯福校正
通过
迈克尔的爱
33 k
您根据返回的一组基因中希望的假阳性率来选择您的截止日期。查阅论文或许可以了解……
评论:DEGs的DESeq2个数与PCA图不一致
通过
迈克尔的爱
33 k
重新排序应该不会有太多的变化' sum(res$padj < X, na.rm=TRUE) '数字。它确实会影响收缩,但如果你看到很大的变化……
答案:筛选| LFC | > 1基因的DESeq2结果
通过
ayy2110
•0
原来我少了一个逗号!' ' ' res_LFC < - res ((abs (res log2FoldChange美元)> 1),]' ' '
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答:关于安装软件包“Rhtslib”、“Rsamtools”、“genome alignmen”的问题
在macOS Big Sur上使用R 4.1.0安装package ' Rhtslib ', ' Rsamtools ', ' genome alignments ', ' ShortRead '的问题
R: miRNA和已验证/预测的靶基因
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