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35.
意见
Limma-VOOM - 时间序列实验,一个组(DuplicateRelation()函数)
变焦
duplicatecorrelation()
时间序列
林马
1天前
Heikki.sarin.
•0
•更新8小时前
戈登·斯密
41K.
6.
投票
13.
答案
301.
意见
如何利用RSEM值寻找差异表达基因
rsem.
林马
刨边机
变焦
正常化
4个月前
harelarik
•50
•4个月前更新
戈登·斯密
41K.
0.
投票
5.
答案
118.
意见
异构体数据,深度测序,嘭
同种型
深度测序
变焦
4个月前
艾娜Hoeschele
•610年
•4个月前更新
戈登·斯密
41K.
0.
投票
4.
答案
80
意见
与tximport的亚型和基因水平数据的均值-方差趋势图
tximport.
同种型
变焦
5个月前
艾娜Hoeschele
•610年
•5个月前更新
戈登·斯密
41K.
1
投票
4.
答案
85
意见
如何将单个RNA-SEQ样本与微阵列样本进行比较?
变焦
rna-seq
微阵列
6个月前
山姆
•0
•6个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55K.
0.
投票
1
回复
72
意见
不可估计的系数往往带有多个数值协变量
R.
林马
设计
rnaseq.
变焦
6个月前
将
•0
•6个月前更新
戈登·斯密
41K.
2
投票
6.
答案
144.
意见
使用edgeR+limma的线性混合模型
线性混合模型
刨边机
林马
变焦
RNA-SEQ.
7个月前
weichengz.
•0
•7个月前更新
戈登·斯密
41K.
1
投票
5.
答案
109.
意见
蛋白质组学数据的Limma !请帮助!
林马
变焦
LMFIT.
eBayesfit.
8个月前
SA825
•0
•8个月前更新
戈登·斯密
41K.
0.
投票
2
答案
35.
意见
估算缺乏复制的变异性
刨边机
rnaseq.
变焦
变化估计量
9个月前
hcnbox.
•0
•9个月前更新
戈登·斯密
41K.
2
投票
6.
答案
79
意见
同时配对和未配对的测试与voom limma相同
林马
变焦
rna-seq
配对的测试
未配对的测试
9个月前
dagsbio
•0
•9个月前更新
戈登·斯密
41K.
6.
投票
5.
答案
158.
意见
如何知道我是否应该使用voomWithQualityWeights()或不?
林马
RNA-SEQ.
变焦
变形夸张
刨边机
9个月前
pedrodcb
•0
•9个月前更新
戈登·斯密
41K.
0.
投票
0.
答案
74
意见
RNAseq/miRNAseq归一化用于计算基因相关性、生存分析和探索性绘图
林马
刨边机
变焦
rnaseq.
mirnaseq
10个月前
Atakanekiz.
•30
4.
投票
7.
答案
197
意见
我可以使用像EDAseq或cqn这样的包(长度偏差规范化)来输入vom吗?
林马
变焦
edaseq
刨边机
rnaseq.
12个月前
Ahdee
•50
•12个月前更新
戈登·斯密
41K.
3.
投票
6.
答案
342.
意见
了解模型矩阵与连续变量的截距一起使用时的变化行为
林马
变焦
rnaseq.
model.matrix
截距
12个月前
Atakanekiz.
•30
•12个月前更新
戈登·斯密
41K.
0.
投票
0.
答案
104.
意见
limma-voom组设计及其对sva的影响
林马
变焦
组设计
SVA.
12个月前
kentfung
•0
2
投票
4.
答案
187
意见
Limma对较大的LFC给出了较大的p值
林马
变焦
14个月前
Chipolino.
•0
•14个月前更新
戈登·斯密
41K.
4.
投票
5.
答案
217.
意见
定义了Limma中复杂多层次实验的设计
林马
rnaseq.
R.
变焦
14个月前
Colari19.
•10
•14个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55K.
0.
投票
1
回复
207.
意见
使用Limma-Voom管道连接到线性模型后不稳定的差异
林马
变焦
14个月前
kentfung
•0
2
投票
3.
答案
293
意见
Limma / Voom与VariancePartition / Dream分析中的阻塞因子。
林马
变焦
variancepartition.
梦想
18个月前
班
•0
•15个月前更新
gabriel.hoffman
•90
0.
投票
3.
答案
150.
意见
与“块”外的样品的队列设计矩阵
林马
变焦
SVA.
16个月前
kentfung
•0
0.
投票
3.
答案
161.
意见
如何将线性混合模型应用于RNA-SEQ数据?
林马
线性混合模型
变焦
rna-seq
16个月前
亚萨合Yeroslaviz
♦1.5 k
4.
投票
4.
答案
228.
意见
在过度表达转录因子后RNA-SEQ数据的标准化
林马
deseq2
变焦
刨边机
17个月前
波格丹
•610年
•17个月前更新
亚伦Lun
♦26K.
1
投票
4.
答案
457.
意见
在limma/ vom工作流程内绘制MDS
林马
变焦
deseq2
18个月前
班
•0
•18个月前更新
戈登·斯密
41K.
1
投票
5.
答案
317.
意见
使用Limma具有变焦的时间课程实验
林马
变焦
RNA SEQ.
时间课程实验
18个月前
mahes.muniandy.
•0
•18个月前更新
亚伦Lun
♦26K.
2
投票
2
答案
225.
意见
变宽与设计矩阵的协变量一起
林马
变焦
RNA-SEQ.
变形夸张
18个月前
朱利安·鲁克克斯
•90
•18个月前更新
马修里奇
•930年
1
投票
2
答案
209.
意见
为什么limma voom E值与voom对象给出不同的结果
林马
变焦
rna-seq
19个月前
Ahdee
•50
•更新19个月前
Thokall.
•160
5.
投票
7.
答案
559.
意见
Limma - 阻止或回归滋扰变量
林马
变焦
RNA-SEQ.
20个月前
Biomiha.
•20
•20个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55K.
0.
投票
3.
答案
271.
意见
来自RNA的〜50%的显着基因(纳米过度)差异表达分析
林马
微阵列
变焦
22个月前
rueben.bautista7
•0
3.
投票
3.
答案
633.
意见
VOOM VS VSN VS LOG2以在LIMMA分析之前转换蛋白质组数据
R.
林马
变焦
VSN.
22个月前
塞巴斯蒂安黑森州
•30
•22个月前更新
Wolfgang Huber.
13K.
12.
投票
4.
答案
2.5K.
意见
用edgeR/voom对htseq数据进行差异表达分析
变焦
htseq.
刨边机
林马
RNASEQ123
3.6年前
wd
•30
•更新23个月前
戈登·斯密
41K.
2
投票
2
答案
347.
意见
Limma的不同结果取决于我在模型中是否有截距术语
林马
LMFIT.
变焦
limma设计矩阵
voomwithqualityweights
2.0年前
kediggins.
•10
•2.0年前更新
戈登·斯密
41K.
5.
投票
5.
答案
505.
意见
来自各种利马方法的T型统计不遵循理论分布
林马
t统计量
变焦
voomwithqualityweights
健壮的回归
2.1年前
Brynedal.
•30
3.
投票
6.
答案
617.
意见
控制数值协变量:利马变焦的差异基因表达
林马
变焦
差异基因表达
rnaseq.
R.
2.1年前
on yi exad.
•0
•2.1年前更新
mikhael.manurung
•230
2
投票
4.
答案
412.
意见
Limma / Voom和Deseq2之间的不一致结果
deseq2
林马
变焦
Limma-Voom.
rnaseq.
2.1年前
bharata1803
•40
•2.1年前更新
戈登·斯密
41K.
3.
投票
4.
答案
388.
意见
Limma Voom DuplicateRelization设计
林马
变焦
duplicatecorrelation
2.1年前
Bruce.moran.
•30
•2.1年前更新
亚伦Lun
♦26K.
2
投票
2
答案
340.
意见
Voom Vooriance建模:Lowess曲线拟合误区误解?
变焦
2.1年前
njbernstein
•0
•2.1年前更新
戈登·斯密
41K.
8.
投票
8.
答案
2.1K.
意见
从计数和归一化到负值的变换转换
rnaseq.
变焦
林马
, tcga
统计数据
2.3年前
初学者
•50
•2.3年前更新
Ryan C. Thompson.
7.6K.
1
投票
1
回复
341.
意见
如何提取基因簇(随时间随时间的类似模式的基因)一旦适合样条曲线?
林马
变焦
花键
基因集群
时间课程实验
2.5年前
h.valipour.k
•0
•2.5年前更新
戈登·斯密
41K.
1
投票
5.
答案
431.
意见
具有变性的错误消息,具有阻止的设计矩阵
变焦
封锁设计
林马
2.6年前
raf4
•20
•2.6年前更新
戈登·斯密
41K.
2
投票
2
答案
439.
意见
在分析GTEX数据时,利马在eBayes中出错
林马
变焦
Gtex.
2.7年前
mico
•0
2
投票
2
答案
370.
意见
正常化以便在一个方向上变化
林马
变焦
rnaseq.
2.9年前
杰克
•70
•2.8年前更新
亚伦Lun
♦26K.
2
投票
1
回复
432.
意见
在Voomplot最低
林马
变焦
2.9年前
raf4
•20
•2.9年前更新
Ryan C. Thompson.
7.6K.
1
投票
1
回复
1.6K.
意见
变宽重量,设计和重量
变焦
Limma-Voom.
voomwithqualityweights
rna-seq
2.9年前
安妮
•10
•2.9年前更新
马修里奇
•930年
2
投票
3.
答案
505.
意见
在limma_3.34.5中voom命令被破坏?
林马
变焦
3.0年前
SJK314
•0
•3.0年前更新
戈登·斯密
41K.
3.
投票
10.
答案
1.3K.
意见
利马变焦RNA-SEQ分析与分类和连续混杂器
林马
变焦
3.0年前
PRATHAP1708
•0
•3.0年前更新
戈登·斯密
41K.
0.
投票
2
答案
507.
意见
对列表对象进行子集设置并不会对$sample.weights进行子集设置
变焦
el
林马
3.0年前
史蒂夫Pederson
•170.
•3.0年前更新
戈登·斯密
41K.
4.
投票
6.
答案
584.
意见
改善Limma-Voom趋势适合嘈杂的数据
林马
变焦
3.1年前
JMA1991
•30
•更新3.1年前
亚伦Lun
♦26K.
0.
投票
5.
答案
543.
意见
多因素设计分析澄清
林马
多因素设计
SVA.
变焦
3.1年前
斯通
•0
2
投票
6.
答案
1.0克
意见
块设计,以利用雷玛测试两个因素
林马
变焦
3.1年前
jfertaj
•20
•更新3.1年前
亚伦Lun
♦26K.
3.
投票
2
答案
1.0克
意见
配对测试 - 设计矩阵和对比矩阵变焦和雷玛
林马
变焦
配对样本
3.1年前
rfbrhm.
•0
•更新3.1年前
戈登·斯密
41K.
124结果•页面
1的3
最近
答案
答:rumma-vom - 时间序列实验,一个组(DuplicateCorrelation()功率
通过
戈登·斯密
41K.
您的代码大致正确,可能会给出好的结果,但您混合了两个不同的管道(limma-voom和limma-trend)。你……
注释:用矩阵的数据集进行微分表达式分析时出现了错误
通过
迈克尔爱
31K.
您可以从RSEM估算估计的计数并为DeseqDatasetFrommatrix提供。我没有代码从t导入摘要数据...
注释:用矩阵的数据集进行微分表达式分析时出现了错误
通过
Didemdkn.
•0
谢谢你的帮助。但是,我没有RSEM输出文件。我刚刚下载了TCGA-BRCA研究的3级数据,我只有…
答:使用biocmanager安装:: install()不适用于Docker容器
通过
马丁•摩根
25K.
这些消息表明您落后于“代理”或“防火墙”,并且您需要遵循“设置代理”Secti中的说明...
评论:CNETPOT(ENRICHPLOT)中的颜色刻度不在0中居中,偏向于积极
通过
圭多Hooiveld
♦2.8 k
所以如果我理解正确的话,你不喜欢cnetplot使用的默认颜色梯度(即蓝-白-红),而是喜欢…
投票
Medips - Medips.Cpgenrich中的错误
答:阅读。idat函数读取压缩文件时发生误导错误
答:阅读。idat函数读取压缩文件时发生误导错误
从相同GC内容的HG38中检索区域和具有元素列表的长度
从相同GC内容的HG38中检索区域和具有元素列表的长度
奖项
•所有
预言家
至
Heikki.sarin.
•0
赞赏
至
托马斯Girke
♦1.7 k
伟大的问题
至
珍妮德尼奇
♦2.0 k
学生
至
珍妮德尼奇
♦2.0 k
伟大的问题
至
svlachavas
•760.
位置
•所有
Wehi,墨尔本,澳大利亚,
4分钟前
海湾边的城市,
1小时前
爱尔兰共和国,
4小时前
美国华盛顿州西雅图市,
8小时前
德国,
9小时前
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