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主成分分析
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3.
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292
的观点
如何椭圆的数据子集PCA双线图?
biplot
主成分分析
RNASeq
PCAtools
6周前
mschmidt
•10
•5周前更新
凯文Blighe
2.4 k
0
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1
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80
的观点
在DESeq2中执行pcaData和coldata的双线图,也许是PCAtools?
PCAtools
biplot
DESeq2
RNASeq
主成分分析
9周前
ecg1g15
•0
•9周前更新
凯文Blighe
2.4 k
0
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10
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222
的观点
我是否按库大小进行集群?
主成分分析
DESeq2
归一化
librarysize
12周前
pkachroo
•10
•12周前更新
迈克尔的爱
31 k
0
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0
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50
的观点
用zinbwave低维表示后的矛盾行为
zinbwave
主成分分析
3个月前
亚萨合Yeroslaviz
♦1.5 k
1
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4
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126
的观点
试图做一个PCA使用edgeR与表达式数据
刨边机
表达数据
主成分分析
4个月前
waalkes
•0
•4个月前更新
戈登•史密斯
42 k
2
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3.
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135
的观点
比较离散变量和主成分分析
EDA
pcaExplorer
PCAtools
主成分分析
5个月前
k.vitting.seerup
•100年
•5个月前更新
凯文Blighe
2.4 k
0
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1
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58
的观点
如果我想运行plotPCA,我应该规范化读计数吗?
deseq2
主成分分析
9个月前
cupret
•0
2
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6
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465
的观点
用椭圆绘制PCA
主成分分析
9个月前
Matan G。
•30
•9个月前更新
迈克尔的爱
31 k
0
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1
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48
的观点
如何知道DESeq2数据是否正态分布?
R
主成分分析
椭圆
normaldistribution
10个月前
ecg1g15
•0
•10个月前更新
凯文Blighe
2.4 k
1
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1
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48
的观点
DiffBind的深入讲解
DiffBind
主成分分析
差分析
10个月前
jrp208
•0
•10个月前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
4
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5
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123
的观点
基于DESeq2 R包和RNA-Seq数据核心函数的降维图差异
deseq2
威仕特
主成分分析
cpm
11个月前
svlachavas
•770年
1
投票
4
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194
的观点
DESeq2中PCA方差计算的差异
deseq2
主成分分析
hclust
15个月前
ag1805x
•50
•15个月前更新
迈克尔的爱
31 k
1
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8
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530
的观点
用DESeq和sva去除批效应
股东价值分析
deseq2
批处理效果
主成分分析
的热图
19个月前
bioyas
•0
•19个月前更新
迈克尔的爱
31 k
0
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2
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215
的观点
难ICE归一化PCA与NAs
diffHic
归一化
主成分分析
NAs
高c
21个月前
inzirio
•10
•21个月前更新
亚伦Lun
♦26 k
1
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1
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185
的观点
PCA轴描述SNPRelate
SNPRelate
主成分分析
22个月前
serpalma.v
•60
•22个月前更新
Stephanie M. Gogarten
•800年
1
投票
3.
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244
的观点
Deseq2 PCA分析
deseq2
主成分分析
22个月前
sherajilir
•0
•22个月前更新
迈克尔的爱
31 k
0
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1
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468
的观点
主成分分析,2个生物重复
bayseq
主成分分析
22个月前
bsad
•0
0
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3.
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370
的观点
不确定用于DESeq2分析的PCA图
deseq2
主成分分析
bioconductor
rnaseq
2.1年前
pepere
•40
•2.1年前更新
迈克尔的爱
31 k
2
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1
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358
的观点
'runPCA'在scater中使用的顶级变量特征
嘘
主成分分析
特性
2.1年前
jw
•0
•2.1年前更新
亚伦Lun
♦26 k
0
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0
回复
309
的观点
从EDASeq包'plotPCA'中添加标签到主成分图
ruvseq
edaseq
主成分分析
2.2年前
kbobowik
•0
0
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7
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511
的观点
DESeq2:大小因子归一化后,测序深度为混杂因子
deseq2
sizefactors
主成分分析
归一化
库大小因子
2.4年前
ipso
•0
•2.4年前更新
迈克尔的爱
31 k
0
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3.
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1.4 k
的观点
在PCA中寻找批处理效果
批处理效果
主成分分析
2.5年前
K
•50
2
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2
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328
的观点
DESEq2主成分分析:生成两个主成分分析,一个是条件1样本,另一个是条件2样本
DESEq2
主成分分析
2.7年前
JoannaF
•10
•2.7年前更新
迈克尔的爱
31 k
3.
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6
回复
2.3 k
的观点
主成分分析图与基因表达数据
r
主成分分析
rnaseq
刨边机
ggbiplot
2.7年前
生物学家
•90年
•2.7年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
1
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2
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521
的观点
不同基因生物型(蛋白编码、mirna、lncrna等)的DESEq2主成分分析
DESeq2
主成分分析
rlog转换
生物型
2.8年前
JoannaF
•10
1
投票
3.
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1.3 k
的观点
来自TPM的PCA
主成分分析
tpm
tximport
3.3年前
tanyabioinfo
•20
0
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3.
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1.2 k
的观点
TPM数据的PCA图
主成分分析
3.3年前
tanyabioinfo
•20
•3.3年前更新
Andy91
•60
11
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1
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2.8 k
的观点
在plotPCA上识别样本
deseq2
plotpca
主成分分析
3.3年前
lirongrossmann
•60
•3.3年前更新
迈克尔的爱
31 k
9
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2
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629
的观点
我能有意义地解释PCA或MDS图的数据减去代理变量的影响吗?
股东价值分析
主成分分析
3.3年前
莱恩·c·汤普森
7.6 k
•3.3年前更新
Vegard尼加德
•110年
0
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6
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918
的观点
在同一数据集上使用rlog和vsd的不同PCA图
deseq2
rlog
variancestabilizingtransformation
plotpca
主成分分析
3.4 years ago•3.3年前更新
lirongrossmann
•60
2
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3.
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674
的观点
主成分分析由DiffBind生成,但PC1的变异比PC2小
diffbind
主成分分析
3.4年前
加里
•20
•3.4年前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
0
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8
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3.0 k
的观点
PCA图- rld与vsd归一化数据的差异(DESeq2)
deseq2
主成分分析
批处理效果
3.5年前
pkachroo
•10
9
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7
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7.1 k
的观点
在DESeq2分析中使用什么:PCA或tSNE降维?
deseq2
rnaseq
主成分分析
tsne
3.6年前
s.w.vanderlaan
•30
•3.6年前更新
库沙尔·K·戴伊
•10
0
票
1
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468
的观点
组织和蛋白质值的主成分图
主成分分析
3.7年前
全球之声
•40
•3.7年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
0
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0
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589
的观点
测量pca负荷
主成分分析
计
载荷
3.8年前
太
•0
2
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2
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607
的观点
R中的PCA图:EntrezID转换的问题
主成分分析
pca的阴谋
pcagopromoter
3.9年前
sherman.leung
•10
•更新于3.9年前
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
4
票
5
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4.2 k
的观点
RNAseq样本的离群值检测
deseq2
rnaseq
主成分分析
分层聚类
离群值
4.2 years ago•4.1年前更新
wd
•30
1
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2
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744
的观点
显示PCA图的pcaExplorer错误
pcaExplorer
主成分分析
4.2年前
swaegers.janne
•0
•4.2年前更新
费德里科•马里尼
•110年
0
票
1
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929
的观点
如何绘制PCA仅为两组比较或绘制三组一次
deseq2
bioconductor
rna-seq
主成分分析
4.2年前
Mnoon
•10
•4.2年前更新
迈克尔的爱
31 k
4
票
5
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1.3 k
的观点
解释了SVA和方差占比
股东价值分析
圣言会
解释的方差
主成分分析
4.3年前
Mattia
•10
•4.3年前更新
杰夫韭菜
•580年
2
票
2
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582
的观点
在设计模型中插入PCA进行调整
主成分分析
4.3年前
mheydarpour
•10
•4.3年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
0
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0
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468
的观点
围绕主分量原点的向量分组成5度弧簇
主成分分析
plotpca
4.3年前
marianarochadesouza
•0
0
票
7
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800
的观点
同一样本,不同计数方法,主成分分析结果不同
deseq2
主成分分析
tximportdata
htseqcounts
4.6年前
jarod_v6@libero.it
•40
•4.6年前更新
迈克尔的爱
31 k
4
票
6
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521
的观点
同时转录因子过表达的特征
deseq2
factominer
主成分分析
4.6年前
sebastiano.curreli
•0
•4.6年前更新
莱恩·c·汤普森
7.6 k
1
投票
6
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739
的观点
DESEQ2挡块设计不符合预期!
deseq2
块
主成分分析
4.6年前
正义与发展党
•0
3.
票
2
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623
的观点
如何在PCA中找到导致一个复制的高方差的基因
主成分分析
方差
deseq2
gene_id
4.6年前
NMostajo
•10
•4.6年前更新
迈克尔的爱
31 k
1
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5
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2.0 k
的观点
PCA的svaseq“清洗”计数和DESeq2的SV减去计数是不同的?
deseq2
股东价值分析
svaseq
主成分分析
4.6年前
彼得中音
•10
4
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4
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1.7 k
的观点
如何在DESeq2中生成PCA碎石图?
主成分分析
deseq2
主成分分析碎石图
4.6年前
CandiceChuDVM
•30
0
票
3.
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780
的观点
自定义PC情节的麻烦
deseq2
plotPCA
主成分分析
rna-seq
4.7年前
newsomew13
•0
2
票
6
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1.9 k
的观点
在DESeq2中的PCA -我能得到对每个成分贡献最大的基因吗?
deseq2
主成分分析
4.7年前
艾米丽
•10
72个结果•页面
二选一
最近……
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答:DE基因的基因本体分析
通过
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
' org.Sc.sgd.db '中主表的数据来自[gene_association.sgd.gz][1]文件。你可以认为新加坡SGD有点走样…
注释:3个因素和相互作用的edgeR模型矩阵
通过
ahsindoomilup
•0
好的,我明白了-谢谢!我将在我的数据集中使用这个模型。你能回答我在最初的帖子中提出的其他问题吗?
评论:DE基因的基因本体分析
通过
vanbelj
•10
谢谢你詹姆斯。' org.Sc.sgd.db '在其SGD列中包含我的整个基因列表的标识符,我能够成功地运行c…
问题:导出edgeR归一化OTU表
通过
ATpoint
•390年
你在这里提供的答案(https://www.biostars.org/p/487419/)有什么问题吗?引用手册说第二种选择是更好的…
注释:Tximport的问题
通过
迈克尔的爱
31 k
我不确定为什么字符会打印在这些JSON文件中,但不是在我和其他人的文件中……如果其他人遇到这种情况…
票
回答:DESeq2用于嵌套个体的时间过程
评论:DE基因的基因本体分析
答:在edgeR中计算logCPM
备注:从ENST到eng
备注:从ENST到eng
奖
•所有
受欢迎的问题
来
erwan.scaon
•10
很好的问题
来
komal.rathi
•80年
史诗的问题
来
komal.rathi
•80年
欣赏
来
马修·里奇
•950年
受欢迎的问题
来
s.munster
•40
位置
•所有
美国,
刚才
美国俄克拉荷马城,
4分钟前
爱尔兰共和国,
14分钟前
美国,
15分钟前
美国,
20分钟前
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