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农庄
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11
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11 k
的观点
DESeq2:向DESeqDataSet中添加注释(来自数据帧)
deseq2
注释
农庄
6.2年前
Darya Vanichkina
•120年
1
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3.
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95
的观点
合并相邻的基因组片段
农庄
GenomicRanges
9周前
rahnaman
•10
0
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105
的观点
基因信息(GRanges +序列)到GenBank
农庄
基因组范围
genbankr
ensembldb
3个月前
biomiha
•20
•3个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
0
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1
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78
的观点
需要帮助重叠过度表示使用组合基因组范围的排列测试
地区
农庄
iranges
8个月前
梁的天使
•0
•3个月前更新
bernatgel
•130年
6
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3.
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119
的观点
我如何子集一个GRanges对象基于染色体(和近似区域)?
农庄
4个月前
deepue
•10
•4个月前更新
mmfansler
•30
3.
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7
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153
的观点
GRanges/GFeatures:在cdsByOverlaps输出中保留所有父列
农庄
GenomicRanges
GenomicFeatures
cdsByOverlaps
DiffBind
5个月前
vanbelj
•10
•5个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
8
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10
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161
的观点
比较来自两个grange的范围,并检查来自第一个grange的范围是否包含在另一个grange中。
农庄
IRanges
7个月前
omarrafiqued
•50
•7个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
2
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2
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84
的观点
如何访问GAlignments对象的元数据
rtracklayer
Rsamtools
GAlignments
农庄
元数据
8个月前
罗伯特。
•10
•8个月前更新
Herve页面
14 k
1
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1
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103
的观点
Rtracklayer导出Granges对象为bigwig错误:特征不能重叠
rtracklayer
genomicranges
农庄
9个月前
ssabri
•20
•9个月前更新
迈克尔•劳伦斯
11 k
7
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13
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286
的观点
如何使用GenomicScores提取所有蛋白质编码基因和lncrna的phastcons评分?
genomicscores
农庄
phastCons100way.UCSC.hg38
r
rtracklayer
10个月前
生物学家
•90年
•10个月前更新
罗伯特Castelo
♦2.6 k
0
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6
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113
的观点
基因组范围:找到第一,第二和第三个最近的基因
R
GenomicRanges
农庄
11个月前
ssabri
•20
•11个月前更新
戈登•史密斯
41 k
0
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1
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141
的观点
利用GRanges在整个基因组的平铺窗口中计算和绘制AT含量
bioconductor
biostrings
gc含量
biostring
农庄
14个月前
atotalamateur
•0
•14个月前更新
Herve页面
14 k
3.
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12
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227
的观点
理解group_by、reduce_ranges、
plyranges
农庄
14个月前
Konstantinos叶尔
•40
•14个月前更新
lee.s
•70年
4
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9
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224
的观点
使用基因组范围获得非重叠(非冗余)区域的计数
genomicranges
农庄
grangeslist
R
16个月前
new_user6
•0
•16个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
7
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8
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4.6 k
的观点
如何从granges删除未绑定的行
农庄
grangeslist
5.3年前
vinod.acear
•50
•18个月前更新
balwierz
•40
3.
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10
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1.2 k
的观点
从GRanges对象中提取每个基因组坐标的元数据
GenomicRanges
农庄
18个月前
罗伯特。
•10
4
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2
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356
的观点
从ipo中构建gpo
genomicranges
农庄
gpo
2.3年前
maltethodberg
•140年
•19个月前更新
Herve页面
14 k
0
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2
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658
的观点
GenomicRanges构造grange错误
农庄
21个月前
rhooads7
•0
•21个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
2
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1
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230
的观点
TxDb对象是否包含非转录活性区域的信息?
TxDb
农庄
BSGenome
变异注释
22个月前
jacorvar
•40
•22个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
4
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1
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259
的观点
重写grange的seqinfo的推荐方法是什么?
农庄
seqinfo
import.bw
BigWigFile
rtracklayer
22个月前
maltethodberg
•140年
•22个月前更新
迈克尔•劳伦斯
11 k
1
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3.
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315
的观点
获取5'上游区域到最近编码区域的坐标
r
农庄
启动子
22个月前
eggrandio
•0
•22个月前更新
Herve页面
14 k
2
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1
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480
的观点
创建一个矩阵来显示多个grange之间的重叠
r
农庄
GenomicRanges
23个月前
维尼修斯·恩里克·达·席尔瓦
•40
•23个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
3.
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2
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446
的观点
如何在“ChIPseeker”包中使用endb
农庄
ChIPseeker
annotatePeak
TxDb
EnsDb
23个月前
焚风
•60
•23个月前更新
约翰内斯Rainer
♦1.8 k
5
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8
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694
的观点
从fasta文件开始
biostrings
fasta
genomicranges
农庄
23个月前
Konstantinos叶尔
•40
•23个月前更新
马丁•摩根
25 k
0
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4
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300
的观点
从grange分数改变符号以可视化负链数据
农庄
rtracklayer
23个月前
ferbecneu
•0
•23个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
3.
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12
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393
的观点
mclapply循环遍历一个GRangesList对象
GenomicRanges
农庄
GRangesList
平行
mclapply
23个月前
焚风
•60
0
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1
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255
的观点
创建GRanges对象
微阵列
minfi
GenomicRatio
农庄
甲基化
2.0年前
lalchungnungabt17
•0
2.0年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
2
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4
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382
的观点
从TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19中提取外显子信息的问题。knownGene:外显子数量不正确,外显子重叠
txdb
txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene
农庄
外显子
加州大学
2.1年前
olavur
•10
•2.1年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
0
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1
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278
的观点
如何重写GRanges类的构造函数?
genomicranges
农庄
2.1年前
Shaurya Jauhari
•0
3.
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7
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4.7 k
的观点
非重叠granges(或subsetByOverlaps的相反部分)
农庄
genomicranges
iranges
subsetByOverlaps
5.3年前
vinod.acear
•50
•2.1年前更新
doublehelix31
•0
1
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2
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327
的观点
通过基因名获取GRanges对象
农庄
基因符号
IdeoViz
2.2年前
阿尔曼Shahrisa
•10
2
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4
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326
的观点
根据mcols值将GRanges拆分为GRangeList
农庄
2.2年前
unamourdeswann
•10
•2.2年前更新
迈克尔•劳伦斯
11 k
1
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2
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360
的观点
将AME .tsv文件拆分为GRanges对象或DataFrame
meme
ame
主题
dataframe
农庄
2.2年前
rbronste
•60
•2.2年前更新
迈克尔•劳伦斯
11 k
2
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1
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350
的观点
gps对象的范围内转换?
genomicranges
gpo
农庄
2.3年前
maltethodberg
•140年
•2.3年前更新
Herve页面
14 k
0
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3.
回复
552
的观点
选择列形成grange对象列表
r
农庄
画眉山庄
2.3年前
g.k
•0
2
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2
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1.2 k
的观点
连接基因组范围的列表
r
农庄
genomicranges
2.3年前
g.k
•0
•2.3年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
4
票
8
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452
的观点
最接近断点的基因
农庄
plyranges
2.4年前
波格丹
•610年
•2.4年前更新
戈登•史密斯
41 k
0
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1
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643
的观点
getPromoterSeq error "错误值[[3L]](cond):记录1 (1:-XXXX-XXX)被截断"
getPromoterSeq
农庄
GenomicFeatures
2.4年前
jerrywu1987
•0
5
票
9
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477
的观点
subsetByOverlaps:比较grange并将所有信息保存在METACOLUMNS中
农庄
bedtools
相交
2.4年前
波格丹
•610年
•2.4年前更新
lee.s
•70年
1
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1
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297
的观点
子集GRanges对象
农庄
构造子集
2.4年前
lalchungnungabt17
•0
•2.4年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
0
票
7
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609
的观点
计算多个床文件的平均得分
chip-seq
农庄
R
床上的文件
2.5年前
jinseok
•0
•2.5年前更新
spotifywebplayer
•0
2
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1
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415
的观点
在Granges交互中重命名seqlevels时出错
interactionset
农庄
2.6年前
维尼修斯·恩里克·达·席尔瓦
•40
•2.6年前更新
亚伦Lun
♦26 k
0
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4
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579
的观点
合并基因组范围列表中的每个元素
txdb
农庄
cd
羊痘疮
R
2.6年前
q.thomas
•0
•2.6年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
0
票
1
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356
的观点
检测GRanges对象中间隙最小的站点
R
genomicranges
农庄
画眉山庄
2.8年前
g.k
•0
0
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0
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345
的观点
用于DEXSeq分析的元数据表
dexseq
差异异构体用法
亚型
summarizeoverlaps
农庄
2.8年前
一个
•40
1
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2
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443
的观点
检测Grange对象内的重叠
r
画眉山庄
农庄
iranges
2.8年前
g.k
•0
•更新于2.8年前
迈克尔•劳伦斯
11 k
0
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1
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339
的观点
r_granges_add合并的元数据列
农庄
findoverlaps
2.8年前
me.saichi
•0
2
票
2
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429
的观点
2kb窗口内的特征,但带有重采样
genomicranges
农庄
slidingwindow
2.8年前
bruce01campus
•0
•更新于2.8年前
迈克尔•劳伦斯
11 k
2
票
7
回复
536
的观点
基于字符列表分割GRanges对象的行
农庄
grangeslist
2.9年前
stephen.williams
•10
•2.9年前更新
迈克尔•劳伦斯
11 k
3.
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2
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740
的观点
coverage()输出SimpleRleList不能转换为GRanges
错误
genomicranges
农庄
rlelist
报道
2.9年前
xiaotong.yao23
•10
•2.9年前更新
Herve页面
14 k
195个结果•页面
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评论:使用鲑鱼- tximt - deseq2意外的基因多态性
通过
雷
•0
刚刚尝试了' addds ',它工作了,非常感谢迈克尔!
评论:使用鲑鱼- tximt - deseq2意外的基因多态性
通过
迈克尔的爱
31 k
你试过tximeta包中的addds吗?
评论:使用鲑鱼- tximt - deseq2意外的基因多态性
通过
雷
•0
谢谢你! !事实上,我在这里[https://biocorecrg.github.io/RNAseq_course_2019/salm…]的教程中加入了'——gencode '标志。
答案:.testForValidKeys(x, keys, keytype, fks)错误
通过
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
这个错误告诉您,您认为是TAIR id的id可能不是TAIR id。如果你用三一杀手来制造从头传送…
评论:DESeq2: padj和LFC在0和20计数的比较中显著?
通过
迈克尔的爱
31 k
我不知道有任何文献讨论低表达DE基因与高表达DE基因的生物学相关性。
票
A:对RT - PCR实验数据进行差异基因分析
A:对RT - PCR实验数据进行差异基因分析
评论:DESeq2: padj和LFC在0和20计数的比较中显著?
答:使用clusterProfiler / enrichment plot with enrichment res的绘图功能
评论:DESeq2: padj和LFC在0和20计数的比较中显著?
奖
•所有
受欢迎的问题
来
efratsh
•0
先知
来
ilysR
•0
受欢迎的问题
来
苏菲·玛丽恩·德·普罗斯
•0
先知
来
jol.espinoz
•30
史诗的问题
来
jol.espinoz
•30
位置
•所有
美国,
24分钟前
印度,
27分钟前
WEHI,澳大利亚墨尔本,
34分钟前
海边的城市,
2小时前
美国,
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