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46
的观点
当使用rtracklayer导入时,可以直接计算覆盖率的汇总统计吗?
报道
rtracklayer
12周前
大卫
•0
0
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1
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83
的观点
如何转换床线图。排序或假发文件覆盖文件
bedgraph
.cov
假发
biseq
报道
6个月前
akhaira
•0
1
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2
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713
的观点
覆盖函数为有间隙的对齐分配了错误的权重
genomicalignments
拼接
报道
3.8年前
rasi1983
•10
•15个月前更新
迈克尔•劳伦斯
11 k
0
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3.
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371
的观点
覆盖概况比较
有针对性的测序
相关
报道
欧几里得
聚类
2.3年前
faramer86
•0
0
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1
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308
的观点
覆盖QC文件意味着复制和“妈妈”列
PureCN
报道
2.8年前
twtoal
•0
•更新于2.8年前
markus.riester
•110年
3.
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2
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751
的观点
coverage()输出SimpleRleList不能转换为GRanges
错误
genomicranges
农庄
rlelist
报道
3.0年前
xiaotong.yao23
•10
•3.0年前更新
Herve页面
14 k
0
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432
的观点
DSS CpG覆盖阈值
DSS
WGBS
报道
3.3年前
floriandeckert
•30
0
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1
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539
的观点
用wiggleplotr绘制染色体坐标上的bigwig覆盖率
wiggleplotr
有重大影响的人
报道
总会在
3.3年前
borgmichael
•0
•3.3年前更新
kaur.alasoo
•30
0
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1
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861
的观点
绘制全基因组床文件的每碱基覆盖率输出图
报道
床上
3.5年前
sgupt46
•0
•3.5年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
2
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5
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933
的观点
GOseq:计数偏差校正变化?
报道
goseq
6.5年前
克里斯托弗·康利
•40
•3.8年前更新
戈登•史密斯
42 k
1
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2
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667
的观点
Gviz off-by-one与STAR BAM
gviz
off-by-one
明星
BAM
报道
3.9年前
bernt.popp
•0
•更新于3.9年前
马丁•摩根
25 k
4
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2
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809
的观点
Bamsignals - bamcoverage没有特定的选项??
BAM
bamsignals
报道
4.0年前
gtho123
•40
•4.0年前更新
赫尔穆特
•0
0
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1
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632
的观点
带有rllists和IRangesLists的视图
的观点
genomicalignments
IRangesList
报道
RleList
4.5年前
ccanchaya
•0
•4.5年前更新
Herve页面
14 k
0
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0
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607
的观点
RNA-Seq宏基因覆盖
报道
4.5年前
杰克
•70年
0
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1
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926
的观点
使用RleList和GRanges进行有效的覆盖率计算
农庄
Rle
报道
视图
的意思是
4.6年前
基督教Ruckert
•170年
•4.6年前更新
迈克尔•劳伦斯
11 k
6
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3.
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790
的观点
coverage()是如何工作的
biostrings
报道
rle
iranges
4.7年前
likeeatingpizza
•0
2
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6
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708
的观点
使用edgeR与“传统”覆盖数据?
刨边机
rnaseq
报道
4.8年前
bastien.chevreux
•0
•4.8年前更新
莱恩·c·汤普森
7.6 k
0
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2
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726
的观点
如何将负覆盖率设置为零
genomicranges
报道
4.9年前
vanhzh
•0
•4.9年前更新
马丁•摩根
25 k
2
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3.
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731
的观点
是否有一种简单的方法将覆盖范围扩展到seqlength并填充0 ?
报道
s4vectors
seqlengths
5.0年前
liz.ingsimmons
•140年
6
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0
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1.3 k
的观点
p.adjust + FDR解释中的BH vs BY
报道
limma
14.5 years ago•更新于5.0年前
戈登•史密斯
42 k
0
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2
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1.4 k
的观点
p.adjust + FDR解释中的BH vs BY
报道
limma
报道
limma
14.5年前
lemerle@embl.de
•50
•更新于5.0年前
戈登•史密斯
42 k
0
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2
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2.3 k
的观点
Bioconductor 2.12发布
BiocViews
aCGH
单核苷酸多态性
转录
测序
微阵列
报道
对齐
注释
去
7.8年前
丹特南鲍姆
♦8.2 k
•5.6年前更新
marksteve952
•0
1
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2
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1.2 k
的观点
coverage()是否拆分外显子,跨越RNA-seq读取?
报道
genomicranges
genomicalignments
5.6年前
杰克
•70年
•5.6年前更新
马丁•摩根
25 k
0
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5
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1.1 k
的观点
sap - bs数据分析(RRBS) - BiSeq使用和覆盖直方图
biseq
rrb
SAAP-BS
报道
5.8 years ago•更新于5.7年前
maria.maqueda
•0
5
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3.
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802
的观点
调用GRanges对象的覆盖率会产生小的负值
农庄
报道
5.8年前
安雅
•10
•5.8年前更新
Herve页面
14 k
2
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6
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1.8 k
的观点
收缩或扩展RLE
RLE
iranges
农庄
报道
5.8年前
创
•30
•5.8年前更新
马丁•摩根
25 k
0
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3.
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1.4 k
的观点
使用Bsmooth时出错。由于NAs
报道
bsseq
6.4年前
客人的用户
♦12 k
•5.9年前更新
帕克
•0
0
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0
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832
的观点
Ggbio地块覆盖调整库大小
报道
归一化
报道
归一化
6.4年前
腾飞阴
•490年
1
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2
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1.7 k
的观点
“正常化”GRanges覆盖对象
报道
去
Gviz
报道
去
Gviz
6.5年前
Aliaksei Holik
•350年
•更新于6.5年前
莱恩·c·汤普森
7.6 k
0
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773
的观点
Ggbio地块覆盖调整库大小
报道
报道
6.6年前
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
0
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0
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1.4 k
的观点
用rtracklayer从Ensembl线粒体染色体名读取bigwig文件的问题
报道
注释
rtracklayer
报道
注释
rtracklayer
6.6年前
马可·布兰切特
•220年
0
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1
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2.4 k
的观点
显示覆盖RNAseq Gviz
RNASeq
报道
Gviz
RNASeq
报道
Gviz
6.7年前
florian.hahne@novartis.com
♦1.6 k
0
票
2
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979
的观点
mr.edgeR在MEDIPS包中进行测试
报道
MEDIPS
报道
MEDIPS
6.7年前
蔓生,凯利
•10
•更新于6.7年前
马提亚Lienhard
•140年
0
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6
回复
1.6 k
的观点
在Gviz显示非常深的覆盖
报道
Gviz
报道
Gviz
6.7年前
兰斯帕森斯
•130年
•更新于6.7年前
florian.hahne@novartis.com
♦1.6 k
0
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0
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629
的观点
viewApply删除特性名;在列表之间转换名称
报道
转换
报道
转换
6.8年前
克里斯·塞德尔
•50
0
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5
回复
2.4 k
的观点
Gviz AnnotationTrack -一致的y刻度
报道
注释
图
Gviz
报道
注释
图
Gviz
6.8年前
Aliaksei Holik
•350年
•更新于6.8年前
兰斯帕森斯
•130年
0
票
0
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626
的观点
Gviz AnnotationTrack -一致的y刻度
报道
Gviz
报道
Gviz
6.8年前
兰斯帕森斯
•130年
1
投票
3.
回复
2.4 k
的观点
R
报道
报道
6.8年前
角色ghorpade
•100年
•更新于6.8年前
马丁•摩根
25 k
0
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0
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2.8 k
的观点
Bioconductor 2.14已发布
BiocViews
aCGH
单核苷酸多态性
测序
RNASeq
ChIPSeq
microrna的
微阵列
qPCR
代谢组学
报道
6.8年前
丹特南鲍姆
♦8.2 k
0
票
0
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866
的观点
easyRNASeq:总计数数
GeneExpression
RNASeq
遗传学
报道
归一化
BSgenome
Biobase
Biostrings
biomaRt
6.8年前
客人的用户
♦12 k
0
票
3.
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1.3 k
的观点
使用GRanges对象查看Rle的视图
RNASeq
报道
去
癌症
桥
rtracklayer
IRanges
RNASeq
报道
去
癌症
桥
6.8年前
迈克尔•劳伦斯
11 k
•更新于6.8年前
Herve页面
14 k
0
票
0
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408
的观点
CIGAR-aware覆盖
报道
GenomicAlignments
报道
GenomicAlignments
6.9年前
Herve页面
14 k
0
票
8
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941
的观点
CIGAR-aware覆盖
报道
IRanges
报道
IRanges
6.9年前
克里斯带有愤怒
•30
•更新于6.9年前
迈克尔•劳伦斯
11 k
0
票
6
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1.3 k
的观点
Gviz:轴相关参数
报道
Gviz
报道
Gviz
6.9年前
格言
•170年
•更新于6.9年前
史蒂夫Lianoglou
13 k
0
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1
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993
的观点
[MEDIPS] mergeFrames: ' rbind(output, cbind(染色体[i], new_start, new_stop))错误`
报道
回归
刨边机
MEDIPS
报道
回归
刨边机
MEDIPS
7.1年前
皮埃尔Lindenbaum
•10
•7.1年前更新
马提亚Lienhard
•140年
0
票
2
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1.6 k
的观点
Gviz -可视化阅读-颜色存在的交界处?
报道
Gviz
报道
Gviz
7.2年前
安德鲁•加菲
•120年
•7.2年前更新
罗伯特Ivanek
•660年
0
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1
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879
的观点
Ggbio: +/-股的镜像覆盖图
报道
ggbio
报道
ggbio
7.2年前
托马斯Girke
♦1.7 k
•7.2年前更新
迈克尔•劳伦斯
11 k
0
票
16
回复
2.6 k
的观点
子集RleList使用GRanges对象?
报道
癌症
IRanges
报道
癌症
IRanges
7.2年前
珍妮特年轻
•740年
•7.2年前更新
Herve页面
14 k
0
票
1
回复
699
的观点
easyRNASeq包:重叠外显子警告未解决(?)和使用配对结束信息
报道
注释
去
癌症
生物
刨边机
DESeq
GenomicRanges
Rsubread
easyRNASeq
去
7.2年前
戈登•史密斯
42 k
•7.2年前更新
尼古拉斯Delhomme
•320年
0
票
0
回复
757
的观点
easyRNASeq包:重叠外显子警告未解决(?)和使用配对结束信息
报道
注释
去
癌症
生物
刨边机
DESeq
GenomicRanges
easyRNASeq
报道
去
7.2年前
尼古拉斯Delhomme
•320年
148个结果•页面
三选一
最近……
回复
注释:ChIP seeker注释错误
通过
3月3月
•0
是的,我改变了seq水平:新名称< - paste0 (c(“1”、“2”、“3”、“4”、“5”、“6”、“7”、“8”,“9”,“10”、“十一”、“12”、“13”、“14”、“15”,“16”,“17”、“18”…
备注:数值变量缩放+居中后,DESeq2结果变化很大
通过
凯文Blighe
2.4 k
你不需要为了调整质量而包含' percent_mapped '。通过包括它,即使是按比例,你也可能会引入偏见……
答案:将UniProt条目名称转换为基因符号
通过
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
理想的UniProt。ws '会在本地这样做,因为'常规'查询ID是ACC+ID,其中ACC是你在那里显示的键,ID是ENT…
备注:数值变量缩放+居中后,DESeq2结果变化很大
通过
马提亚Munz
•0
我写了数据质量。缩放和居中对我来说并不新鲜。
评论:如何在linux ubuntu 18中使用bioconductor和Deseq2
通过
凯文Blighe
2.4 k
你的默认R是什么?-应该是4.0.x。在错误消息之前的行中还应该有更多的文本。你能把它寄出去吗?
票
答案:将UniProt条目名称转换为基因符号
答案:将UniProt条目名称转换为基因符号
答:数值变量缩放+居中后,DESeq2结果变化很大
答案:没有结果从plotPCA()
评论:DEseq2比较顺序
奖
•所有
先知
来
amel.zulji
•0
受欢迎的问题
来
erwan.scaon
•10
很好的问题
来
komal.rathi
•80年
史诗的问题
来
komal.rathi
•80年
欣赏
来
马修·里奇
•960年
位置
•所有
爱尔兰共和国,
17分钟前
澳大利亚,
21分钟前
澳大利亚/墨尔本/奥利维亚牛顿-约翰癌症研究所,
50分钟前
WEHI,澳大利亚墨尔本,
1小时前
德国,
1小时前
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