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115
的观点
DESeq2中的对比
deseq2
对比
3个月前
bahmanik@msu.edu
•20
•3个月前更新
迈克尔的爱
31 k
3.
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122
的观点
LIMMA时间后代设计
limma
依赖时间的
对比
4个月前
anoopta88
•10
•4个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
5
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10
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192
的观点
对于非全秩设计矩阵,正确设置与DESeq2的对比
DESeq2
DGE
对比
7个月前
llooll1
•0
•7个月前更新
迈克尔的爱
31 k
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319
的观点
lfcShrink不能使用对比
lfcShrink
对比
设计
deseq2
12个月前
亚萨合Yeroslaviz
♦1.5 k
•12个月前更新
迈克尔的爱
31 k
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86
的观点
同样的结果改变对比函数
deseq2
对比
度
14个月前
ire.ontiveros
•0
•14个月前更新
迈克尔的爱
31 k
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373
的观点
DESeq2:将所有tpts与基线进行比较,并相应地拉出结果表
deseq2
对比
设计
16个月前
luciest.rodriguez
•0
1
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3.
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763
的观点
多因素分析
deseq2
对比
当你
2.3年前•更新于16个月前
Iryna
•0
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195
的观点
Dseq2结果协同对比
deseq2
对比
协同作用
20个月前
史蒂文眨眼
•90年
•20个月前更新
迈克尔的爱
31 k
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391
的观点
NOOB问题:如何在DESeq2中使用对比进行亚组分析?
deseq
deseq2
对比
子群
23个月前
爱丽儿
•0
2
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364
的观点
DESeq2: 5条件(B vs C) vs (D vs B)
deseq2
对比
比率的比率
23个月前
Fischer-philipp
•30
•23个月前更新
迈克尔的爱
31 k
3.
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368
的观点
lfcShrink, interactions和ashr
deseq2
lfcshrink
对比
2.1年前
jurbach
•10
•2.1年前更新
迈克尔的爱
31 k
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250
的观点
EdgeR:有两种处理方法,是否等同于分成两个不同的模型,还是进行相关的成对比较?
刨边机
设计矩阵
对比
2.2年前
sdalin
•0
•2.2年前更新
戈登•史密斯
42 k
0
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5
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390
的观点
RNA-seq时间过程实验- DESEq2对比
deseq2
rna-seq
的相互作用
对比
2.4年前
Maithe巴罗斯
•10
•2.4年前更新
迈克尔的爱
31 k
0
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3.
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348
的观点
与DESeq2同时发生的四种情况的对比?
DESeq2
对比
结果
2.6年前
jan.soderman
•0
•2.6年前更新
迈克尔的爱
31 k
1
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5
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889
的观点
DESeq2 Subsetting给出了对比误差-只能应用于2级或2级以上的因子
deseq2
多因素设计
对比
2.6年前
russell.stewart.j
•0
2
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3.3 k
的观点
edgeR设计矩阵和对比:如何在设计矩阵列中没有显示的组之间进行对比?
刨边机
设计和对比矩阵
对比
利玛对比矩阵
limma
3.0年前
cafelumiere12
•20
•3.0年前更新
戈登•史密斯
42 k
7
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1
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862
的观点
我应该以对照组为参照来对比两个治疗组还是直接对照?
deseq2
model.matrix
全球语言监测机构
对比
3.1年前
serpalma.v
•60
•3.0年前更新
迈克尔的爱
31 k
2
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4
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554
的观点
对计划对比进行多次测试校正
deseq2
多重比较
对比
3.1年前
serpalma.v
•60
•3.1年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
0
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4
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773
的观点
时间点和捐赠者-对比错误
deseq2
对比
3.6年前
萨沙
•0
•3.2年前更新
迈克尔的爱
31 k
0
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2
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428
的观点
提取对比的差异
deseq2
resultsnames
批处理效果
对比
3.3年前
pkachroo
•10
•3.3年前更新
迈克尔的爱
31 k
2
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5
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1.1 k
的观点
为什么会有limma对比。适合产生NA的所有对比,尽管只有在一种情况下缺失数据?
limma
对比
缺失的数据
lmfit
makecontrasts
3.4年前
wewolski
•10
•3.4年前更新
戈登•史密斯
42 k
0
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2
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876
的观点
DESEq2对比语句语法和设计语句问题
deseq2
的相互作用
对比
3.5年前
grashow
•0
•3.5年前更新
迈克尔的爱
31 k
10
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7
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6.2 k
的观点
DESeq2 lfcShrink() coef的使用vs.对比度的使用
deseq2
利物浦
系数
对比
3.5年前
Anke布施
•0
•3.5年前更新
迈克尔的爱
31 k
2
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2
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1.1 k
的观点
EdgeR - anova类测试与测试个体对比
刨边机
方差分析
学习任务
对比
3.6年前
Maiv
•0
•3.6年前更新
亚伦Lun
♦26 k
0
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5
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1.7 k
的观点
DESEQ2 'results'过滤器的值为多个条件(对比度关闭?)
deseq2
结果
对比
padj
3.6年前
courtney.stairs
•0
•3.6年前更新
迈克尔的爱
31 k
0
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1
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782
的观点
如何用DESeq2提取复杂对比
对比
DESeq2
差异基因表达
3.7年前
原子能委员会
•70年
•3.7年前更新
迈克尔的爱
31 k
0
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7
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1.4 k
的观点
使用edgeR glmLRT()计算与协变量的对比
刨边机
对比
协变量
glmlrt ()
3.8年前
杰夫斯金纳
•0
3.
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19
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1.5 k
的观点
对Limma中4个协变量剔除批效应并调整模型
limma
批处理效果
协变量
对比
差异基因表达
3.8年前
mheydarpour
•10
0
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1
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954
的观点
使用DESeq2进行样本内时间序列比较
deseq2
时间进程
rnaseq
设计
对比
3.9年前
prppmet
•0
•更新于3.9年前
迈克尔的爱
31 k
2
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13
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1.8 k
的观点
DESeq2对数倍变化估计的因素与许多水平
deseq2
lfce
对比
3.9年前
crfitzpat
•0
2
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3.
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563
的观点
利用DESeq2的对比参数估计线性组合系数
deseq2
对比
4.0年前
sebastiano.curreli
•0
•4.0年前更新
迈克尔的爱
31 k
0
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2
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509
的观点
edgeR对比药物治疗和时间点
刨边机
对比
4.3年前
sergio.martinezcuesta
•10
•4.3年前更新
亚伦Lun
♦26 k
0
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3.
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1.1 k
的观点
多重对比
limma
微阵列
对比
相机
4.3年前
gaby8638
•20
•4.3年前更新
戈登•史密斯
42 k
2
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6
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674
的观点
edgeR -制作12个对比,但结果只得到5个对比
R边形
对比
设计和对比矩阵
4.6年前
nooshin
•290年
•4.6年前更新
亚伦Lun
♦26 k
1
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6
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532
的观点
这些对比在DESeq2中使用正确吗?
deseq2
对比
4.7年前
简Merlevede
•90年
•更新于4.7年前
迈克尔的爱
31 k
2
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2
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1.2 k
的观点
在DESeq2 RNA-seq DE分析中使用对比参数的“U”形p值分布
deseq2
rnaseq
对比
多重比较
fdrtool
4.7年前
sebastiano.curreli
•0
2
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6
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906
的观点
寻求确认在DESeq2中手动设置带有多个交互项的3因素设计的对比
deseq2
多因素设计
的相互作用
设计和对比矩阵
对比
4.8年前
piensaglobalmente
•10
•4.8年前更新
迈克尔的爱
31 k
2
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4
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2.8 k
的观点
DESeq2对比中的交互项
deseq2
的相互作用
设计和对比矩阵
对比
4.8年前
dwzhang.wisc
•20
0
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5
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3.2 k
的观点
DESeq2多因素实验设计
deseq2
轻轨车
多因素
对比
的相互作用
5.0年前
rclaire
•0
6
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1
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1.5 k
的观点
DESeq2,多因素设计的困难
DESeq2
多因素设计
实验设计
对比
5.2年前
anton.kratz
•60
•5.2年前更新
迈克尔的爱
31 k
4
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9
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939
的观点
如何构造具有交互作用的线性模型的对比?
limma
对比
线性模型
5.2年前
vedran.franke
•0
1
投票
4
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722
的观点
基因表达的特异性
差异基因表达
具体的表达式
对比
deseq2
5.3年前
arrigonialberto86
•0
0
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1
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1.1 k
的观点
DESeq2设计问题-特别是从DESeq2手册的第23-25页理解对比和交互
deseq2
设计和对比矩阵
的相互作用
对比
5.3年前
moldach
•20
•5.3年前更新
迈克尔的爱
31 k
3.
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5
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849
的观点
传递limma对比矩阵变量
对比
limma
5.4年前
约翰linux用户
•210年
•5.4年前更新
戈登•史密斯
42 k
6
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2
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3.0 k
的观点
所有相同的padj对比结果在DESeq2
deseq2
padj
对比
结果
5.5年前
jjinhyoungkim
•20
•5.5年前更新
迈克尔的爱
31 k
7
票
9
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2.4 k
的观点
DESeq2:比较一组的表达与其他组的均值
deseq2
杂种优势
对比
设计和对比矩阵
5.6年前
johntlovell
•10
•5.6年前更新
迈克尔的爱
31 k
2
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8
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2.2 k
的观点
混淆相互作用和betaprior在DESeq2。
deseq2
的相互作用
对比
5.6年前
邵
•90年
2
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6
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2.0 k
的观点
用于将一个水平与基准线进行比较的轰击/limma对比
limma
轰
对比
5.9年前
Stijn van Dongen
•80年
•5.9年前更新
史蒂夫Lianoglou
13 k
5
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11
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8.1 k
的观点
DESeq2:有多个因素和相互作用的术语不会显示所有的影响
deseq2
多因素设计
对比
的相互作用
6.0年前
mat.lesche
•80年
•6.0年前更新
迈克尔的爱
31 k
0
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3.
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2.6 k
的观点
在DESeq2中哪里包含交互项
deseq2
对比
设计
6.0年前
ksilkaitis
•0
•6.0年前更新
迈克尔的爱
31 k
51个结果•页面
二选一
最近……
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评论:DEseq2比较顺序
通过
凯文Blighe
2.4 k
嗨,我认为你需要改变这一行:sampleTable$condition <- factor(sampleTable$condition)…: sampleTable conditi美元……
评论:DEseq2比较顺序
通过
模糊
•0
亲爱的凯文:谢谢你的帮助。我使用这个来确定基线:dds$condition <- relevel(dds$condition, ref = "untrea…
注释:安装bsgenome . hspapiens . ucsc .hg38时出错
通过
ahorn720
•10
当我试图安装hg38时,我得到了同样的错误:' BiocManager::install(" bsgenome . hspiens . ucsc .hg38")` ```错误:package or nam…
回答:错误“无效类“DMNGroup”对象”是什么意思,如何解析p
通过
mschmidt
•10
我已经为我正在使用的R版本4.0.3更新了Bioconductor到3.12版本。现在它起作用了。对于类似的问题,请查看类似的帖子[findOver…]
答案:错误myDMP未找到
通过
元田
•220年
你好:你能分享更多的信息,比如你的代码吗?并粘贴错误信息?
票
注释:安装bsgenome . hspapiens . ucsc .hg38时出错
考虑3个因素的DESeq2设计模型
注释:DESeq2用于嵌套个体的时间过程
加入Bioconductor社区咨询委员会
答:DiffBind 3.0的dba.count()没有bSubControl参数
奖
•所有
受欢迎的问题
来
erwan.scaon
•10
很好的问题
来
komal.rathi
•80年
史诗的问题
来
komal.rathi
•80年
欣赏
来
马修·里奇
•960年
受欢迎的问题
来
s.munster
•40
位置
•所有
美国,
10分钟前
爱尔兰共和国,
1小时前
德国,
1小时前
意大利萨莱诺大学,
2小时前
海边的城市,
2小时前
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