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chipseq
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177
的观点
使用ChIPSeqSpike将ChIPSeq实验与输入相减的问题
chipseq
ChIPSeqSpike
17天前
Ainul
•0
•3天前更新
nicolas.descostes
•0
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2
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105
的观点
使用dba.count()时的DiffBind错误
ChIP-Rx
DiffBind
chipseq
9周前•7周前更新
indi97
•0
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140
的观点
ChIP导引头注释错误
DiffBind
chipseq
ChIPseeker
ChipDb
注释
11星期前
3月3月
•0
•12天前更新
茉莉花
•0
1
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4
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785
的观点
MAnorm输出作为DiffBind输入。
MAnorm
diffbind
归一化
chipseq
3.0年前
ajeet
•0
•12周前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
2
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4
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228
的观点
在微分峰值分析之前,对计算得到的峰值系数进行归一化
DiffBind
Chipseq
spike-ins
14个月前
康斯坦丁·Okonechnikov
•20
•12周前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
4
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3.
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154
的观点
Diffbind用于回归多个混杂变量(阻塞因素)
diffbind
块
回归
deseq2
chipseq
15个月前
melnuesch
•10
•12周前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
1
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3.
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986
的观点
下采样ChIP-seq BAM文件,在馈送到Diffbind之前,在规范化因子中出现峰值
diffbind
chipseq
chipqc
2.9年前
bioinfouser2
•10
•12周前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
1
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8
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249
的观点
EdgeR中的Spike-in规范化
CUTandRUN
刨边机
归一化
SpikeIn
ChIPSeq
3个月前•12周前更新
别哭
•0
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210
的观点
新闻:
广泛的更新在DiffBind 3.0
归一化
ATACSeq
ChIPSeq
DiffBind
chipseq
3个月前
罗里斯塔克
♦3.5 k
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58
的观点
如何用高峰峰会代替TSS或成绩单来绘制其他因素的热图
ChIPseqR
芯片
ChIPseeker
ChIPSeq
chipseq
3个月前
ret28
•0
•3个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
0
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1
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92
的观点
关于BiocParallel的CHIPQC错误
CHIPQC
Diffbind
chipseq
罗里斯塔克
托马斯•卡罗尔
9个月前
bioinfouser2
•10
•9个月前更新
马丁•摩根
25 k
1
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95
的观点
DiffBind:处理复制
diffbind
chipseq
10个月前
hkitano
•0
•10个月前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
0
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1
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66
的观点
从Geo数据库中检索ChIP-seq数据
ChIPseq
GEO数据库
11个月前
poodap127
•0
•11个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
0
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1
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52
的观点
DiffBind MA图用不同颜色标注启动子区域
diffbind
chipseq
rorystark
11个月前
bioinfouser2
•10
•11个月前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
0
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0
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86
的观点
如何更改ColAttributes名称的文本大小
diffbind
colattributes
chipseq
cex
14个月前•13个月前更新
研究员
•0
0
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1
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124
的观点
有可能改变DiffBind合并峰值吗?
DiffBind
ChIPseq
16个月前
zhenfeng.liu1
•20
•16个月前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
0
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107
的观点
ChIPQC在使用所有染色体时进行无终止循环
chipqc
chipseq
ChIPQC
16个月前
laura.mannarino
•0
0
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1
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121
的观点
diffBind分析:只有一个复制
diffbind
chipseq
17个月前
danielaperry2015
•0
•17个月前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
1
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3.
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271
的观点
错误:'ChIPseeker'的包或命名空间加载失败:' txdb . hspapiens . ucsc .hg19。命名空间:txdb . hspapiens . ucsc .hg1…
chipseq
chipseeker
R
Bioconductor
19个月前
charlesgwellem
•10
•19个月前更新
马丁•摩根
25 k
0
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5
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199
的观点
用相同的坐标处理所有样品的床/床图文件
ChIPSeq
19个月前
凯丝
•0
2
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2
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568
的观点
DiffBind对ChIP-seq的MA图-如何正确地解释规范化?
diffbind
R
MAplot
Chipseq
20个月前
melnuesch
•10
•20个月前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
0
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3.
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197
的观点
基于扩散亲和的分析
Diffbind
ChIPseq
关联分析
差异结合位点
占用分析
20个月前
rapmic
•0
•20个月前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
0
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0
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508
的观点
使用Chipseeker注释时出错
注释
chipseq
23个月前
hamaor
•0
0
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0
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358
的观点
如何使用ChIPseeker获取基因体注释。
chipseeker
chipseq
2.1年前
bioinfouser2
•10
3.
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7
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984
的观点
DEseq2差分结合分析ChIP seq
deseq2
diffbind
csaw
greylistchip
chipseq
2.1年前
Yonatan Amzaleg
•0
•2.1年前更新
迈克尔的爱
31 k
3.
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2
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388
的观点
diffbinding找不到微分位置
diffbind
chipseq
组蛋白chip-seq
微分结合分析
2.3年前
woongjaej
•0
•2.3年前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
3.
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4
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572
的观点
ChIPseeker/关于“annotatepeak”功能和L.japonicus的Bioconductor注解数据包的问题
chipseeker
Bioconductor注解数据包
Lotus对虾
ChIPseq
2.3年前
egbastakis
•0
•2.3年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
0
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7
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399
的观点
ChIPpeakAnno重叠峰值与TSS的收益大于TSS重叠
chippeakanno
chipseq
R
2.4年前
94133
•0
•2.4年前更新
或者,Jianhong
♦1.2 k
1
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3.
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578
的观点
如何使用ChIPseeker仅对启动子区域进行功能富集分析
chipseeker
chipseq
2.5年前
bioinfouser2
•10
•2.4年前更新
Guangchuang余
♦1.2 k
0
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0
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292
的观点
由于连接错误,无法打开文件
systemArgs
chipseq
工作目录
2.5年前
hallie.s
•0
0
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350
的观点
工作:
计算表观遗传学和非编码RNA分析博士后招聘2个(#CNPD08)
bioinformatician工作
rna-seq
chipseq
gsea
python
工作
2.5年前
l.brown
•10
0
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0
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356
的观点
运行exomePeak时出错
exomePeak
chipseq
2.5年前
syrttgump
•20
0
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0
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274
的观点
用CompareCluster函数绘制数据时出错
comparecluster
chipseq
2.5年前
阿什利
•0
1
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1
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326
的观点
获取DiffBind完整结果列表
deseq2
diffbind
chipseq
2.7年前
rafael.munoz.viana
•0
•2.7年前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
2
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1
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555
的观点
使用DiffBind::dba在固定宽度的峰值中计数读取。不重新定心计数?
diffbind
chipseq
计数
山峰
bedtools
2.8年前
Ni-Ar
•10
•2.7年前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
0
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1
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351
的观点
Reg。: Ringo,开源R包
安捷伦芯片
chipseq
2.7年前
preranakoti93
•0
•2.7年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
4
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7
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1.1 k
的观点
差分芯片序列分析与DESeq2
chipseq
deseq2
featurecounts
微分结合分析
2.7年前
hkarakurt
•20
•2.7年前更新
迈克尔的爱
31 k
0
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0
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355
的观点
在>2条件下的差异ChIP区域
diffbind
chipseq
2.8年前
Shamaine
•0
2
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3.
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1.8 k
的观点
在DiffBind中出现“if (is.na(peaks)){:参数的长度为零”错误
diffbind
chipseq
山峰
dba
is.na
2.8年前
maria.kondili
•0
1
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1
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429
的观点
enrichment go (clusterProfiler)会产生不同的结果
chipseq
去充实
clusterprofiler
2.9年前
哈维尔Pérez佛罗里达
•840年
•2.9年前更新
Guangchuang余
♦1.2 k
2
票
4
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633
的观点
围绕TSS制作窗口,并从指定窗口的箱子的另一个data.frame中获取值
R
农庄
genomicranges
chipseq
3.1年前
ssabri
•20
•3.1年前更新
迈克尔•劳伦斯
11 k
1
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1
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346
的观点
根据基因组注释过滤BED文件
床上的文件
bedtools
过滤
chipseq
3.1年前
rbronste
•60
•3.1年前更新
亚伦Lun
♦26 k
5
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7
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748
的观点
ChIPSeeker enrichment peakoverlap外部数据集下载
chipseeker
chipseq
芯片
3.1年前
rbronste
•60
•3.1年前更新
Guangchuang余
♦1.2 k
4
票
3.
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536
的观点
关于DESeqDataSetFromMatrix rowsum最小值ChIP和/或ATAC-seq的意见
deseq2
atac-seq
chipseq
微分结合分析
3.1年前
rbronste
•60
•3.1年前更新
亚伦Lun
♦26 k
0
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0
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528
的观点
工作:
生物信息学分析师II/III -杰克逊实验室Banchereau实验室
rnaseq
atac-seq
iso-seq
chipseq
工作
3.1年前
tyler.chukwu
•0
3.
票
7
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884
的观点
dba.countwith pre-defined regions
dba.count
dba
chipseq
diffbind
3.1年前
西尔维娅
•10
•3.1年前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
2
票
6
回复
1.7 k
的观点
使用DiffBind分析没有复制的数据
diffbind
bioconductor
微分结合分析
没有复制
chipseq
3.2年前
别哭
•0
0
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1
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738
的观点
如何在ChIPseeker中定义下游范围
ChIPseeker
H3K27me3
chipseq
chipseeker
3.2年前
lifeng.liu.biology
•10
•3.2年前更新
Guangchuang余
♦1.2 k
2
票
2
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399
的观点
清理与染色体图谱相关的DiffBind计数
diffbind
chipseq
微分结合分析
3.2年前
rbronste
•60
•3.2年前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
0
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0
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470
的观点
在ChIPSeeker图/分析中删除/组合特定的注释类别
chipseeker
chipseq
注释
3.2年前
rbronste
•60
142个结果•页面
三选一
最近……
回复
回答:错误:DBA对象已经从共识峰值集形成
通过
罗里斯塔克
♦3.5 k
有许多方法可以达到这一点,这取决于您如何构造' KRNMWnocml '对象。为了使用豌豆…
备注:在DiffBind中,比较结果score和Conc不同
通过
罗里斯塔克
♦3.5 k
如果您使用:dba获得规范化计数。山峰et(dba_counts, bRetrieve=TRUE) this should give you the counts used to calculate the…
备注:从ENST到eng
通过
约翰内斯Rainer
♦1.8 k
你说的"找到染色体"是什么意思?要获得染色体名称,您可以查询' "seq_name" '列(即包括在lis…
备注:一组与另外两组比较,采用LRT试验(伪体法)
通过
迈克尔的爱
31 k
在A vs B和A vs C两两比较中,DESeq2调整p值均小于0.05的基因。
答案:DESeq2异常高估计Log2FoldChange
通过
迈克尔的爱
31 k
首先,' parallel=TRUE '应该对结果没有影响。它运行相同的程序。重要的是要注意的是,你是比较……
票
答:一组与另外两组比较,采用LRT检验(伪体法)
答:一组与另外两组比较,采用LRT检验(伪体法)
注释:ChemmineR函数propOB()和ChemmineOB prop_OB()中的错误
回答:如何更好地设计火山地块
答:从ENST到ENSG
奖
•所有
先知
来
amel.zulji
•0
受欢迎的问题
来
erwan.scaon
•10
很好的问题
来
komal.rathi
•80年
史诗的问题
来
komal.rathi
•80年
欣赏
来
马修·里奇
•960年
位置
•所有
爱尔兰共和国,
8分钟前
克鲁克,剑桥,英国
27分钟前
德国,
31分钟前
意大利,
47分钟前
意大利,
50分钟前
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