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chip-seq
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87
的观点
dba错误。计数和dba.analyze
DiffBind
chip-seq
differentially-binding-site
3个月前
3月3月
•0
•3个月前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
0
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2
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90
的观点
ChIP-seq MA图可能倾斜-如何正常化?
DiffBind
马的阴谋
归一化
ChIP-seq
6个月前
hasse.bossenbroek
•0
•6个月前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
2
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7
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205
的观点
所有样品的恭敬结合位点是相同的
chip-seq
diffBind
sequence_analysis
6个月前
3月3月
•0
•6个月前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
0
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1
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52
的观点
DiffBind使用哪个内部工具来计数BAM读取来计算sizeFactor?
DiffBind
ChIP-seq
8个月前
bioinfouser2
•10
•7个月前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
0
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1
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68
的观点
使用扩散装订规范床图文件从spike ins
diffbind
chip-seq
芯片
斯派克
spike-ins
9个月前
theodore.georgomanolis
•0
•7个月前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
0
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57
的观点
ChIPQC交叉覆盖图
chipqc
chip-seq
9个月前
tuteja.reetu
•0
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83
的观点
工作:
Bolzano,意大利:癌症表观基因组学生物信息学博士后研究员
RNA-seq
ChIP-seq
工作
12个月前
约翰内斯Rainer
♦1.8 k
2
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120
的观点
输入样本在ChIP-seq差分分析中的应用(csaw/edgeR)
csaw
chip-seq
13个月前
ATpoint
•400年
•13个月前更新
亚伦Lun
♦26 k
1
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4
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228
的观点
mergeNamedAtomicVectors出错
TranscriptR
RNA-seq
ChIP-seq
15个月前
jason.williams
•0
•15个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
1
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4
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143
的观点
在diffbind dba中。minOverlap是什么意思?
diffbind
chip-seq
dba.peakset
16个月前
theodore.georgomanolis
•0
•15个月前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
1
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190
的观点
以年龄为阻滞因子
diffbind
chip-seq
16个月前
melnuesch
•10
•15个月前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
0
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774
的观点
工作:
马萨诸塞大学医学院高级/初级生物信息学家
单细胞测序
RNA-Seq
ChIP-Seq
ATAC-Seq
工作
19 months ago•17个月前更新
朱莉·朱
♦4.2 k
2
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2
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472
的观点
ChIPQC给出的Bam文件有297个contigs错误:下标包含越界索引
ChIP-seq
ChIPQC
质量控制
23个月前
明星
•10
•17个月前更新
zhenfeng.liu1
•20
0
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1
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458
的观点
使用DiffBind从MACS2读取峰值
chip-seq
峰打电话
diffbind
20个月前
aviv.de-morgan
•0
•20个月前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
0
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304
的观点
ChIP-qPCR数据可视化的建议?
R
chip-seq
组蛋白chip-seq
ggbio
2.1年前
新男友镍锰合金
•100年
2
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2
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313
的观点
使用微阵列重标注结合阵列和Chip-Seq数据
re-annotation
affymetrix微阵列
chip-seq
Affymetrix小鼠基因阵列
2.2年前
2323982403
•30
0
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3.
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258
的观点
ChIP-seq数据的规范化
归一化
chip-seq
2.2年前
波格丹
•610年
0
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4
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388
的观点
Csaw峰值归一化
ChIP-seq
csaw
2.3年前
尼古拉斯的仆人
•260年
•2.3年前更新
亚伦Lun
♦26 k
0
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0
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250
的观点
如何正确使用和理解芯片序列分析与DiffBind ?
diffbind
chip-seq
R
2.3年前
pierre.marin
•0
0
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2
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358
的观点
Csaw归一化和库大小
chip-seq
归一化
2.5年前
尼古拉斯的仆人
•260年
•2.5年前更新
亚伦Lun
♦26 k
0
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7
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622
的观点
计算多个床文件的平均得分
chip-seq
农庄
R
床上的文件
2.5年前
jinseok
•0
•2.5年前更新
spotifywebplayer
•0
3.
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6
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513
的观点
ChIP峰注释:如何获取每个峰重叠的所有基因?
ChIP-seq
chippeakanno
chipseeker
2.5年前
94133
•0
0
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5
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525
的观点
规范化中的CSAW峰值:.local(object,…)中的错误:se的库大小。Out '和'object'是不同的
csaw
软件错误
R
chip-seq
bioconductor
2.7年前
94133
•0
•2.7年前更新
亚伦Lun
♦26 k
1
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1
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1.1 k
的观点
使用Diffbind将Chip-Seq峰值MACS2输出(.xls)文件导入DBA对象?
diffbind
macs2
chip-seq
3.2年前
chunhong.liu07
•10
0
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0
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527
的观点
ChIPQC: names(res) <- nms .错误
ChIPQC
chip-seq
3.2年前
nbkingsley
•0
0
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4
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829
的观点
使用dba读取床文件时遇到问题。DiffBind中的计数
DiffBind
dba.count
Chip-Seq
差分析
3.4 years ago•3.3年前更新
urjaswita
•10
0
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2
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521
的观点
带csaw的差分ChIP-seq:如何标准化重复区域(调聚体)的计数?
csaw
组蛋白chip-seq
chip-seq
3.4年前
gil.hornung
•0
•3.4年前更新
亚伦Lun
♦26 k
1
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2
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603
的观点
makeTxDbFromBiomart错误
chip-seq
3.4年前
gnani.science
•0
•3.4年前更新
Herve页面
14 k
0
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1
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730
的观点
Soggi regionPlot函数以“percentOfRegion”模式导入bigwig文件时出错
soGGi
chip-seq
地区
3.5年前
835102330
•0
•3.5年前更新
托马斯•卡罗尔
•400年
2
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11
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1.1 k
的观点
从csaw导出最终DB窗口的规范化计数
csaw
刨边机
chip-seq
3.5年前
jms1223
•0
•3.5年前更新
莱恩·c·汤普森
7.6 k
2
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2
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551
的观点
如何使用Diffbind作为完整的初学者?
diffbind
chip-seq
3.6年前
AA
•10
•3.6年前更新
Gord布朗
•630年
0
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1
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742
的观点
Chip-seq峰值注释[chip - seeker]
chipseeker
chip-seq
注释
Guangchuang
3.6年前
anupriyaverma1408
•0
•3.6年前更新
Guangchuang余
♦1.2 k
0
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0
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462
的观点
元分析芯片序列数据
chip-seq
荟萃分析
3.6年前
rezapanahi222
•0
3.
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2
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437
的观点
显示现象特异性的统计检验(如H3K27me3标记增加)
chip-seq
3.9年前
波格丹
•610年
•更新于3.9年前
沃尔夫冈•休伯
13 k
0
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843
的观点
使用MA在DiffBind中可视化归一化:DESEQ2 / EdgeR和完整v.有效库大小之间的差异
diffbind
刨边机
deseq2
chip-seq
4.0年前
siklenkak
•0
•4.0年前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
0
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3.
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916
的观点
DiffBind的db.analyze()中的归一化方法说明
diffbind
chip-seq
归一化
deseq2
tmm
4.0年前
siklenkak
•0
•4.0年前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
3.
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4
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878
的观点
解释互相关图以确定片段长度
csaw
chip-seq
组蛋白
4.1年前
siklenkak
•0
•4.1年前更新
亚伦Lun
♦26 k
3.
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2
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1.1 k
的观点
从ChIP-seq数据中去除GC内容偏差和趋势偏差
csaw
chip-seq
归一化
刨边机
cqn
4.3年前
s1437643
•10
•4.3年前更新
亚伦Lun
♦26 k
0
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1
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562
的观点
DiffBind:不同的染色体名得到不同的结果
diffbind
chip-seq
4.4年前
D.Hemerich
•0
•4.4年前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
0
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3.
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665
的观点
芯片序列分析与输入
chip-seq
微分结合分析
4.5年前
damian.kao
•0
•4.5年前更新
亚伦Lun
♦26 k
0
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3.
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2.3 k
的观点
2个以上样品的扩散分析?
diffbind
chip-seq
4.5年前
sarah.blackstone7734
•0
•4.5年前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
0
票
2
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708
的观点
从ChIP读取计数中减去INPUT读取。
diffbind
ChIP-seq
4.6年前
xie186
•0
•4.6年前更新
罗里斯塔克
♦3.5 k
0
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6
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1.0 k
的观点
归一化-使用ChIP-seq数据的差分绑定的DESeq2
deseq2
chip-seq
微分绑定
4.7年前
p2016k
•0
1
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18
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1.7 k
的观点
使用CSAW对手动指定区域的chip-seq数据进行标准化
chip-seq
TSS
TMM
csaw
4.7年前
saadmurtazakhan
•10
•更新于4.7年前
亚伦Lun
♦26 k
0
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0
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594
的观点
工作:
癌症数据分析算法研究博士后
算法
ChIP-seq
癌症
工作
4.7年前
valentina.boeva
•0
2
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1
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562
的观点
csaw如何处理乘法对齐读取?
csaw
chip-seq
4.7年前
endrebak85
•30
•更新于4.7年前
亚伦Lun
♦26 k
0
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0
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686
的观点
工作:
加州斯坦福大学遗传学系生物信息学职位
新一代测序
rna-seq
chip-seq
单个细胞
工作
4.8年前
卡佳Hebestreit
•130年
0
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2
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1.2 k
的观点
在对比上的扩散绘图
diffbind
chip-seq
6.0年前
medinaale
•0
•更新于5.0年前
AB
•100年
0
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1
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1.3 k
的观点
diffBind - bam不可访问
diffbind
chip-seq
bam
5.3年前
eli7javasky
•0
3.
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9
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1.5 k
的观点
ChIPQC和broadPeak输入
chipseq
chipqc
chip-seq
5.4年前
lindahove
•10
53个结果•页面
二选一
最近……
回复
注释:ChIP seeker注释错误
通过
3月3月
•0
是的,我改变了seq水平:新名称< - paste0 (c(“1”、“2”、“3”、“4”、“5”、“6”、“7”、“8”,“9”,“10”、“十一”、“12”、“13”、“14”、“15”,“16”,“17”、“18”…
备注:数值变量缩放+居中后,DESeq2结果变化很大
通过
凯文Blighe
2.4 k
你不需要为了调整质量而包含' percent_mapped '。通过包括它,即使是按比例,你也可能会引入偏见……
答案:将UniProt条目名称转换为基因符号
通过
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
理想的UniProt。ws '会在本地这样做,因为'常规'查询ID是ACC+ID,其中ACC是你在那里显示的键,ID是ENT…
备注:数值变量缩放+居中后,DESeq2结果变化很大
通过
马提亚Munz
•0
我写了数据质量。缩放和居中对我来说并不新鲜。
评论:如何在linux ubuntu 18中使用bioconductor和Deseq2
通过
凯文Blighe
2.4 k
你的默认R是什么?-应该是4.0.x。在错误消息之前的行中还应该有更多的文本。你能把它寄出去吗?
票
加入Bioconductor社区咨询委员会
答案:将UniProt条目名称转换为基因符号
答案:将UniProt条目名称转换为基因符号
答:数值变量缩放+居中后,DESeq2结果变化很大
答案:没有结果从plotPCA()
奖
•所有
先知
来
amel.zulji
•0
受欢迎的问题
来
erwan.scaon
•10
很好的问题
来
komal.rathi
•80年
史诗的问题
来
komal.rathi
•80年
欣赏
来
马修·里奇
•970年
位置
•所有
WEHI,澳大利亚墨尔本,
20分钟前
爱尔兰共和国,
54分钟前
澳大利亚,
57分钟前
澳大利亚/墨尔本/奥利维亚牛顿-约翰癌症研究所,
1小时前
德国,
2小时前
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