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5
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529
的观点
voomWithQualityWeights:关于每组最小重复数+设计使用的问题
limma
刨边机
轰
voomWithQualityWeights
limma-voom
3.2年前
圭多Hooiveld
♦2.9 k
•3.2年前更新
戈登•史密斯
42 k
0
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406
的观点
interGeneCorrelation和voom
轰
interGeneCorrelation
limma
3.2年前
maltethodberg
•140年
10
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9
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664
的观点
在对上述数据集使用limma- boom时,是否有更好的方法通过阻塞或对比来改进设计?
limma-voom
轰
limma
rna-seq
3.3年前
vd4mmind
•0
•3.3年前更新
亚伦Lun
♦26 k
0
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3.
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376
的观点
未使用的样本改变了limma中显著基因的数量
limma
轰
3.3年前
杰克
•70年
10
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6
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2.8 k
的观点
Kallisto RNA-seq表达的Bootstrap置信区间
rnaseq
deseq2
刨边机
轰
limma
5.7年前
肖恩·戴维斯
21日k
•3.4年前更新
保罗•哈里森
•90年
1
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4
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822
的观点
来自Voom的$E的表达配置文件
轰
EList美元
3.4年前
anpham
•20
•3.4年前更新
史蒂夫Lianoglou
13 k
0
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2
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646
的观点
Limma boom为单一因素
limma
轰
微分表达式
3.4年前
bumbum
•0
•3.4年前更新
戈登•史密斯
42 k
1
投票
5
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659
的观点
limma - boom读计数分析
差异甲基化CpG
Limma
轰
阅读数
3.5年前
ioannis.konstantinidis
•0
•3.5年前更新
亚伦Lun
♦26 k
0
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1
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902
的观点
limma:当从RNA-seq数据集输出差分表达式结果时,topTable函数实现?
limma
轰
刨边机
toptable
输出
3.5年前
heikki.sarin
•0
•3.5年前更新
亚伦Lun
♦26 k
0
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1
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1.0 k
的观点
与tximport选项和结果矩阵混淆
tximport
rnaseq
rsem
limma
轰
3.5年前
arubio
•0
•3.5年前更新
戈登•史密斯
42 k
2
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5
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739
的观点
轰(limma)数据的三向相互作用,包括一个> 2级的因子
RNASeq
limma
轰
方差分析
3.6年前
大卫Rengel
•70年
4
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10
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822
的观点
题目:批次效应导致的轰击曲线的奇怪故障
limma
轰
batcheffect
协变量
3.8年前
raf4
•20
•3.7年前更新
戈登•史密斯
42 k
1
投票
1
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583
的观点
Voom最有效地应用于定期增加学习
limma
轰
批量效应校正
3.8年前
达里奥Strbenac
♦1.5 k
•3.8年前更新
亚伦Lun
♦26 k
4
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2
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2.1 k
的观点
在RNA-seq实验中应用voom + limma对块因子设计
limma
轰
3.8年前
jfertaj
•20
5
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4
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2.8 k
的观点
在limma- boom之前,tmm标准化TPM有什么意义吗?
轰
limma-voom
tximport
刨边机
3.9年前
johnmcma
•10
•更新于3.9年前
莱恩·c·汤普森
7.6 k
3.
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12
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2.0 k
的观点
TCGA rna-seq rsem基因结果用于正则化cox回归建模的问题
, tcga
rnaseq
glmnet
轰
deseq2
3.9年前
panagiotis.mokos
•40
0
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4
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1.3 k
的观点
正则化线性回归模型的RNA-seq原始数据的归一化和转换
rnaseq
glmnet
limma
轰
deseq2
3.9年前
panagiotis.mokos
•40
2
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2
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759
的观点
能从limma和vous中得到lsmean和表情置信区间吗?
易趣
limma
轰
3.9年前
bag59
•0
2
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2
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589
的观点
edgeR QL与轰击重量
刨边机
limma-voom
轰
4.0年前
gregory.l.stone
•10
•4.0年前更新
亚伦Lun
♦26 k
7
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5
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817
的观点
哪个是比较两种情况下时间过程的最佳设计矩阵?
limma
轰
设计矩阵
timecourse
4.0年前
卡米拉奥雷利亚纳
•10
•4.0年前更新
戈登•史密斯
42 k
1
投票
5
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1.1 k
的观点
我可以使用EdgeR log2(cpm)而不是voom log2(cpm)作为微阵列数据进行分析吗?
limma
刨边机
timecourse
没有复制
轰
4.2年前
卡米拉奥雷利亚纳
•10
1
投票
1
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806
的观点
多重比较的Limma轰分析
轰
limma
4.3年前
ea1402
•20
•4.3年前更新
亚伦Lun
♦26 k
3.
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6
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583
的观点
RNA-seq配对实验与3个因素使用重复相关
配对样本
多因素设计
limma
轰
4.3年前
原子能委员会
•70年
•4.3年前更新
戈登•史密斯
42 k
10
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13
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1.7 k
的观点
用limma法检测极低计数基因的DE。
limma
轰
limma-trend
4.3年前
maltethodberg
•140年
•4.3年前更新
戈登•史密斯
42 k
6
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4
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675
的观点
结合新旧RNAseq数据,批量校正
rnaseq
limma
股东价值分析
批处理效果
轰
4.3年前
schrist1
•10
•4.3年前更新
亚伦Lun
♦26 k
1
投票
3.
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570
的观点
limma分析RNA-seq数据的输出DEGs仅为Tophat-CuffDiff的1/3
差异基因表达
轰
limma
RNA-seq
4.3年前
boyashuang
•0
•4.3年前更新
戈登•史密斯
42 k
2
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7
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592
的观点
limma/voom中奇怪的结果(核糖体蛋白/ y连锁基因)
limma
轰
rnaseq
4.3年前
布罗菲尔德
•10
•4.3年前更新
戈登•史密斯
42 k
4
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3.
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696
的观点
qAbundanceDist的源代码在哪里?
轰
4.4年前
kjo
•60
•4.4年前更新
戈登•史密斯
42 k
11
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8
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5.5 k
的观点
WGCNA和DGE的RNA-Seq数据预处理
WGCNA
RNA-Seq
DESeq2
轰
removebatcheffect ()
4.4年前
gokce.ouz
•70年
•4.4年前更新
彼得Langfelder
♦2.6 k
6
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3.
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1.2 k
的观点
[Limma]测试具有交互作用的连续变量
limma
轰
连续
的相互作用
混淆
4.4年前
lanhuong
•20
2
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3.
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733
的观点
在WGCNA模块的基因子集上运行limma boom有问题吗?
WGCNA
limma
轰
4.4年前
珍妮Drnevich
♦2.0 k
•4.4年前更新
亚伦Lun
♦26 k
5
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9
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3.8 k
的观点
轰:需要至少两个非na值插值
limma轰
轰
rsem
fpkm
4.4年前
komal.rathi
•80年
3.
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6
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3.1 k
的观点
RNAseq,如果在腔内没有复制该怎么办
limma
轰
刨边机
5.6年前
约翰尼·H
•80年
•4.4年前更新
Konika拉
•20
0
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6
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1.7 k
的观点
如何使用RUVseq和vom -limma进行差异表达分析?
ruvseq
limma
轰
4.4年前
brainfood
•0
•4.4年前更新
大卫。risso
•850年
2
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1
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818
的观点
将极稀疏计数数据帧转换为连续分布以供WGCNA研究
limma轰
轰
计数
4.5年前
chrisclarkson100
•50
•4.5年前更新
戈登•史密斯
42 k
10
票
4
回复
2.2 k
的观点
腔隙分析中低表达基因的筛选
轰
limma
rna-seq
差异基因表达
4.5年前
rubi
•90年
•4.5年前更新
戈登•史密斯
42 k
11
票
3.
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916
的观点
拟合多项式RNA-seq计数数据
轰
limma
全球语言监测机构
多项
回归
4.5年前
rubi
•90年
•4.5年前更新
罗伯特Castelo
♦2.6 k
3.
票
1
回复
670
的观点
爆隙截距系数的解释
limma
轰
拦截
系数
4.5年前
rubi
•90年
•4.5年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
56 k
13
票
2
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2.0 k
的观点
战斗轰轰烈烈
limma
轰
战斗
批处理效果
4.5年前
eldronzhou
•10
•4.5年前更新
戈登•史密斯
42 k
6
票
4
回复
1.7 k
的观点
RSEM预计计数为limma- boom
limma
轰
rsem
4.6年前
杰克
•70年
•4.6年前更新
戈登•史密斯
42 k
1
投票
4
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765
的观点
RNA Seq中处理与对照随时间的影响(edgeR和limma)
刨边机
limma
轰
RNASeq
多个时间点
4.6年前
joelrome88
•0
•4.6年前更新
莱恩·c·汤普森
7.6 k
4
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2
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753
的观点
Voom:用cpm以外的方法归一化的基因表达数据的均值-方差关系的估计
limma
轰
4.8年前
krishna312
•0
•4.8年前更新
戈登•史密斯
42 k
3.
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6
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1.5 k
的观点
池单细胞:分析
deseq2
单个细胞
limma
轰
4.8年前
拉
•80年
•4.8年前更新
亚伦Lun
♦26 k
3.
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4
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1.1 k
的观点
轰鸣声归一化低跨度
轰
归一化
4.8年前
格雷戈里警告
•50
•4.8年前更新
戈登•史密斯
42 k
4
票
10
回复
1.4 k
的观点
连续变量与性别调整的影响
刨边机
limma
轰
4.9年前
jhj89
•10
•4.9年前更新
戈登•史密斯
42 k
4
票
2
回复
1.9 k
的观点
limma- boom miRNA序列
limma
轰
5.0年前
杰克
•70年
•更新于5.0年前
戈登•史密斯
42 k
1
投票
1
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736
的观点
Limma复合设计
limma
轰
5.0年前
ea1402
•20
•更新于5.0年前
戈登•史密斯
42 k
1
投票
2
回复
755
的观点
EdgeR GLM后轰击转换计数
limma
轰
刨边机
rnaseq
5.0年前
adam.p.taranto
•0
•更新于5.0年前
莱恩·c·汤普森
7.6 k
4
票
3.
回复
1.3 k
的观点
来自voom的均值-方差校正数据
limma
轰
5.0年前
罗兰Cougnaud
•20
•更新于5.0年前
戈登•史密斯
42 k
17
票
11
回复
12 k
的观点
什么时候对RNA-seq数据的limma/voom框架中voom应用分位数归一化?
limma轰
limma
轰
rna-seq
分位数正常化
5.0年前
lassancejm
•40
•更新于5.0年前
戈登•史密斯
42 k
124个结果•页面
2 / 3
最近……
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评论:DEseq2比较顺序
通过
凯文Blighe
2.4 k
如果' lfcShrink() '不可用,您必须使用旧版本的DESeq2。你为什么要用旧版本?哪个R版本是你…
评论:DEseq2比较顺序
通过
模糊
•0
您好,感谢您的回复!我改变了一行:sampleTable$condition <- factor(sampleTable$condition, levels = c('cntrl','trt')) I d…
评论:用enrichment kegg (clusterProfiler)进行基因集富集分析,结果很少
通过
Lluís雷维拉·桑丘
•610年
很难说,但一个可能的原因是你的基因和gseKEGG寻找路径的地方不匹配。其他的自己……
备注:在DiffBind中,比较结果score和Conc不同
通过
shangguandong1996
•20
谢谢Stark博士,我会尽力的:)
答案:为什么我的p值缩水(GWAS)?
通过
安娜
•0
同样值得注意的是,你的样本量非常小,这并不一定会导致这个qq图,但这是一个更普遍的问题……
票
回答:在测量结果中,哪一组是指更大的量更少?
将topGO包的结果保存为R对象(rda/rds文件)。
答案:DESeq2异常高估计Log2FoldChange
评论:为什么在AnnotationHub中没有一些其他生物的Uniprot信息?
注释:DiffBind安装失败:错误:包' BiocGenerics ' 0.34.0被加载,但是
奖
•所有
先知
来
amel.zulji
•0
受欢迎的问题
来
erwan.scaon
•10
很好的问题
来
komal.rathi
•80年
史诗的问题
来
komal.rathi
•80年
欣赏
来
马修·里奇
•960年
位置
•所有
瑞士,
2分钟前
德国,
11分钟前
爱尔兰共和国,
24分钟前
WEHI,澳大利亚墨尔本,
1小时前
德国,
1小时前
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