zinbwave

DOI:10.18129 / B9.bioc.zinbwave

RNA-Seq Zero-Inflated负二项模型数据

Bioconductor版本:版本(3.16)

实现了一个通用和灵活zero-inflated负二项模型,可以用来提供一个单细胞RNA-seq数据的低维表示。模型的零通胀(辍学),占over-dispersion,数据的统计性质。模型还占库大小和选择批处理效果的差异和/或其他协变量,避免pre-normalize数据的必要性。

作者:大卫Risso (aut、cre cph],斯维特拉娜Gribkova (aut),范妮Perraudeau (aut),让-菲利普•绿色(aut),克拉拉Bagatin (aut)

维护人员:大卫Risso < Risso。大卫。gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“zinbwave”)

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文档

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HTML	R脚本	zinbwave装饰图案
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文本		新闻

细节

biocViews	DimensionReduction,GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.4),方法,SummarizedExperiment,SingleCellExperiment
进口	BiocParallel,softImpute统计数据,genefilter,刨边机,矩阵
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat,matrixStats,magrittr,scRNAseq,ggplot2,biomaRt,BiocStyle,Rtsne,DESeq2
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/drisso/zinbwave/issues
取决于我
进口我	benchdamic,clusterExperiment,scBFA,singleCellTK
建议我	桅杆,飞溅
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	zinbwave_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	zinbwave_1.20.0.zip
macOS二进制(x86_64)	zinbwave_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64)	zinbwave_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/zinbwave
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ zinbwave
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/zinbwave/
包下载报告	下载数据