天顶

DOI:10.18129 / B9.bioc.zenith

基因集合分析微分表达式使用线性(混合)建模后的梦想

Bioconductor版本:版本(3.17)

天顶上执行组基因分析的结果用线性微分表达式(混合)建模与梦想通过考虑基因表达特征之间的相关性。这个包实现了相机吴提出的方法从limma包和史密斯(2012)。天顶的相机是一个简单的扩展兼容线性混合模型中实现variancePartition::梦想()。

作者:加布里埃尔·霍夫曼(aut (cre)

维护人员:加布里埃尔·霍夫曼<加布里埃尔。霍夫曼在mssm.edu >

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HTML	R脚本	例子中使用的天顶GEUVAIDIS RNA-seq
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细节

biocViews	BatchEffect,DifferentialExpression,表观遗传学,FunctionalGenomics,GeneExpression,GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,微阵列,归一化,预处理,质量控制,RNASeq,回归,软件,转录组
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.2.0),limma、方法
进口	variancePartition(> = 1.26.0),EnrichmentBrowser(> = 2.22.0),GSEABase(> = 1.54.0)msigdbr (> = 7.5.1) Rfast, ggplot2, tidyr, reshape2,进步,跑龙套,Rdpack,统计数据
链接
建议	BiocStyle,BiocGenericsrmarkdown knitr,迎合,tweeDEseqCountData,刨边机、kableExtra RUnit
SystemRequirements
增强了
URL	https://DiseaseNeuroGenomics.github.io/zenith
BugReports	https://github.com/DiseaseNeuroGenomics/zenith/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	zenith_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	zenith_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	zenith_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	zenith_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/zenith
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/天顶
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/zenith/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/zenith/
包下载报告	下载数据