zellkonverter

DOI:10.18129 / B9.bioc.zellkonverter

scRNA-seq对象之间的转换

Bioconductor版本:发行版(3.16)

提供在Python AnnData对象和singlecel实验对象之间转换的方法。这些主要供下游Bioconductor包使用,这些包包装了用于单细胞数据分析的Python方法。它还包括读写用于将AnnData对象保存到磁盘的H5AD文件的函数。

作者:Luke Zappia [aut, cre], Aaron Lun [aut]

维护者:Luke Zappia < Luke at lazappi.id.au>

引文(从R内,输入引用(“zellkonverter”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“zellkonverter”)

超文本标记语言 R脚本 转换到/从AnnData到singlecel实验
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews DataImportDataRepresentationSingleCell软件
版本 1.8.0
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于
进口 矩阵蛇怪网状SingleCellExperiment(> = 1.11.6),SummarizedExperimentDelayedArray、方法、S4Vectors跑龙套,cli
链接
建议 anndataBiocFileCacheBiocStylecovrHDF5Arrayknitrpkgloadrmarkdownrhdf5scRNAseq拼写testthatwithr
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/theislab/zellkonverter
BugReports https://github.com/theislab/zellkonverter/issues
全靠我 OSCA.intro
进口我 伶盗龙
建议我 cellxgenedpHDF5Array
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 zellkonverter_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 zellkonverter_1.8.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) zellkonverter_1.8.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) zellkonverter_1.8.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/zellkonverter
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/zellkonverter
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/zellkonverter/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/zellkonverter/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网