wiggleplotr

DOI:10.18129 / B9.bioc.wiggleplotr

从BigWig文件中制作读覆盖图

Bioconductor版本:发行版(3.16)

从测序实验与基因组注释(基因，转录本，峰值)一起可视化阅读覆盖的工具。长转录本的内含子可以重新缩放到固定长度，以更好地可视化外显子读取覆盖。

作者:Kaur Alasoo [aut, cre]

维护者:Kaur Alasoo < Kaur。同样在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“wiggleplotr”)

超文本标记语言	R脚本	wiggleplotr简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing，ChIPSeq，报道，GeneExpression，ImmunoOncology，RNASeq，测序，软件，转录，可视化
版本	1.22.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(5.5年)
许可证	Apache License 2.0
取决于	R (>= 3.6)
进口	dplyr，ggplot2(> = 2.2.0),GenomicRanges，rtracklayer，cowplot，为了，purrr，S4Vectors，IRanges，GenomeInfoDb
链接
建议	knitr，rmarkdown，biomaRt，GenomicFeatures，testthat，ensembldb，EnsDb.Hsapiens.v86，org.Hs.eg.db，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，AnnotationDbi，AnnotationFilter
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	factR
建议我	奇迹
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	wiggleplotr_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	wiggleplotr_1.22.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	wiggleplotr_1.22.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	wiggleplotr_1.22.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/wiggleplotr
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/wiggleplotr
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/wiggleplotr/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/wiggleplotr/
软件包下载报告	下载数据