火神

DOI:10.18129 / B9.bioc.vulcan

使用网络进行虚拟芯片序列数据分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

Vulcan (VirtUaL ChIP-Seq Analysis through Networks)是一个程序包,可以询问基因调控网络,从而推断出来自ChIP-Seq数据的差异结合签名中显著富集的辅因子。为了做到这一点,我们的包结合了来自不同BioConductor包的策略:DESeq用于数据规范化,ChIPpeakAnno和DiffBind用于注释和定义ChIP-Seq基因组峰,csaw用于定义最佳峰宽,viper用于在差分绑定签名上应用调控网络。

作者:Federico M. Giorgi, Andrew N. Holding, Florian Markowetz

维护者:Federico M. Giorgi < Federico。Giorgi在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“火神”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“火神”)

PDF R脚本 Vulcan:网络虚拟芯片序列分析
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews ChIPSeqGeneExpressionNetworkEnrichment软件SystemsBiology
版本 1.20.0
在Bioconductor BioC 3.6 (R-3.4)(5年)
许可证 LGPL-3
取决于 R (>= 4.0),ChIPpeakAnnoTxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene动物园GenomicRangesS4Vectors毒蛇DiffBindlocfit
进口 wordcloudcsawgplots,统计,utils,caTools、图形、DESeq2Biobase
链接
建议 vulcandata
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 vulcan_1.20.0.tar.gz
Windows二进制 vulcan_1.20.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) vulcan_1.20.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) vulcan_1.20.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/vulcan
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/vulcan
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/vulcan/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/vulcan/
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