vissE

DOI:10.18129 / B9.bioc.vissE

可视化集富集分析结果

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该软件包能够使用基于网络和文本挖掘的方法对基因集富集分析的结果进行解释和分析。大多数富集分析的结果是大量难以解释的重要基因集。该软件包中的工具有助于从基因集富集分析中构建基于相似性的重要基因集网络,然后可以使用文本挖掘方法对其生物学功能进行调查。

作者:Dharmesh D. Bhuva [aut, cre],艾哈迈德·穆罕默德[ctb]

维护者:Dharmesh D. Bhuva < Bhuva。D at wehi.edu.au>

引文(从R内,输入引用(“vissE”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“vissE”)

超文本标记语言 R脚本 vissE
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews GeneExpressionGeneSetEnrichment网络NetworkEnrichment软件
版本 1.6.0
在Bioconductor BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 4.1)
进口 igraph、方法、plyrggplot2scicoRColorBrewertmggwordcloudGSEABasereshape2grDevices,ggforcemsigdbggrepeltextstemtidygraph统计数据,尺度ggraph
链接
建议 testthatorg.Hs.eg.dborg.Mm.eg.db拼接而成singscoreknitrrmarkdownprettydocBiocStylepkgdowncovr
SystemRequirements
增强了
URL https://davislaboratory.github.io/vissE
BugReports https://github.com/DavisLaboratory/vissE/issues
全靠我
进口我
建议我 msigdb
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 vissE_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 vissE_1.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) vissE_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) vissE_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/vissE
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/vissE
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/vissE/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/vissE/
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