variancePartition

DOI:10.18129 / B9.bioc.variancePartition

在多水平基因表达实验中量化和解释变异的驱动因素

Bioconductor版本:发行版(3.16)

量化和解释基因表达实验中生物和技术变异的多个来源。使用线性混合模型来量化可归因于个人、组织、时间点或技术变量的基因表达变化。包括重复测量的梦差异表达分析。

作者:Gabriel Hoffman [aut, cre]

维护者:Gabriel E. Hoffman < Gabriel。霍夫曼在mssm.edu >

安装

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如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("variancePartition")

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文档

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browseVignettes(“variancePartition”)

PDF	R脚本	1)关于使用variancePartition的教程
超文本标记语言	R脚本	2)额外的可视化
超文本标记语言	R脚本	3)随机效应和REML的理论与实践
超文本标记语言	R脚本	4)梦:重复测量设计的差异表达测试
超文本标记语言	R脚本	5)常见问题
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect，DifferentialExpression，表观遗传学，FunctionalGenomics，GeneExpression，GeneSetEnrichment，ImmunoOncology，微阵列，归一化，预处理，质量控制，RNASeq，回归，软件，转录组
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (R-3.2)(7年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.0.0),ggplot2，limma，BiocParallel
进口	质量，pbkrtest(> = 0.4 4),lmerTest，矩阵(> = 1.4.0),迭代器，foreach，doParallel，gplots，RhpcBLASctl，进步，reshape2，大气气溶胶，尺度，Rdpack，rlang，lme4(>= 1.1-10)， grDevices，图形，Biobase，方法，utils，统计
链接
建议	BiocStyle，knitr，老鸨，rmarkdown，刨边机，dendextend，tximport，tximportData，舞会礼服，DESeq2，RUnit，BiocGenerics，r2glmm，readr
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/variancePartitionhttps://DiseaseNeuroGenomics.github.io/variancePartition
BugReports	https://github.com/DiseaseNeuroGenomics/variancePartition/issues
取决于我
进口我	马斯喀特，天顶
建议我	GRaNIE
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	variancePartition_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	variancePartition_1.28.0.zip
macOS二进制(x86_64)	variancePartition_1.28.0.tgz
macOS二进制(arm64)	variancePartition_1.27.6.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/variancePartition
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ variancePartition
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/variancePartition/
包下载报告	下载数据