tximeta

doi:10.18129/b9.bioc.tximeta

用自动元数据导入的成绩单定量

生物导体版本:版本(3.15)

转录本定量从鲑鱼和Alevin进口,并自动附着转录本范围和释放信息,以及其他相关的元数据。从头转录组可以链接到具有LinkedTxomes的适当来源,并共享用于计算可重复性。

作者:Michael Love [Aut,Cre],Charlotte Soneson [AUT,CTB],Peter Hickey [Aut,CTB],Rob Patro [AUT,CTB],NIH NHGRI [FND],CZI [FND]

维护者:迈克尔·洛夫(Michael Love)

引用(从r内,输入引用(“ tximeta”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)Biocmanager :: install(“ TXIMETA”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ tximeta”)

html R脚本 用自动元数据导入的成绩单定量
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 注解,,,,DataImport,,,,功能基因组学,,,,基因表达,,,,基因数,,,,免疫学,,,,预处理,,,,rnaseq,,,,报告写作,,,,reproducibleresearch,,,,Singlecell,,,,软件,,,,转录,,,,转录组学
版本 1.14.0
在生物导体中 Bioc 3.8(R-3.5)(3.5岁)
执照 GPL-2
要看
进口 总结性特征,,,,tximport,,,,jsonlite,,,,S4VECTORS,,,,iranges,,,,基因组机,,,,AnnotationDbi,,,,GenomicFeatures,,,,Ensembldb,,,,Biocfilecache,,,,AnnotationHub,,,,生物弦,,,,蒂布尔,,,,GenomeInfodB,工具,utils,方法,矩阵
链接
建议 尼特,,,,rmarkDown,,,,测试,,,,tximportdata,,,,org.dm.eg.db,,,,deseq2,,,,鱼池,,,,EDGER,,,,林玛,,,,DevTools
系统要求
增强
URL https://github.com/mikelove/tximeta
取决于我 rnaseqgene
进口我 同工型间分析仪
建议我 deseq2,,,,鱼池,,,,氟化物学
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 tximeta_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 tximeta_1.14.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) tximeta_1.14.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tximeta
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/tximeta
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/tximeta/
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