ttgsea

DOI:10.18129 / B9.bioc.ttgsea

基因集富集分析的标记文本

Bioconductor版本:发行版(3.16)

基因集富集分析(GSEA)等功能富集分析方法已被广泛应用于基因表达数据的分析。GSEA是一种通过计算预定义基因集的富集分数来推断基因集水平上基因表达数据结果的强大方法。GSEA依赖于基因集的可用性和准确性。基因组或类别的术语之间存在重叠，因为单个生物过程可能存在多个术语，因此可能导致丰富的术语中的冗余。换句话说，相关项的集合是重叠的。使用深度学习，这个包旨在预测基因集名称中文本中唯一标记或单词的富集分数，以解决这个重叠集问题。此外，我们可以通过组合代币来创造一个新的术语，并通过预测这样的组合代币来找到它的丰富分数。

作者:Jung Dongmin [cre, aut]

维护者:Dongmin Jung

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ttgsea”)

超文本标记语言	R脚本	ttgsea
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，GeneSetEnrichment，软件
版本	1.6.3
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	keras
进口	tm，text2vec，分词器，textstem，stopwords，data.table，purrr，图,统计数据
链接
建议	fgsea，knitr，testthat，网状，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	DeepPINCS，GenProSeq
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ttgsea_1.6.3.tar.gz
Windows二进制	ttgsea_1.6.3.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	ttgsea_1.6.3.tgz
macOS二进制文件(arm64)	ttgsea_1.6.3.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ttgsea
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ttgsea
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ttgsea/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ttgsea/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.16的旧源包	源存档