三轮车

DOI:10.18129 / B9.bioc.tricycle

三轮车:细胞周期的可转移表示和推断

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该包包含使用单细胞RNASeq数据推断和可视化细胞周期过程的函数。它利用了迁移学习的思想，将新数据投射到先前学习过的生物可解释空间。我们提供了一个预先学习的细胞周期空间，可以用来推断人类和小鼠单细胞样本的细胞周期时间。此外，我们还提供了在不同嵌入上可视化单元格周期时间的函数和构建新引用的函数。

作者:郑世杰[aut, cre]

维护人员:Shijie Zheng

安装

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如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("tricycle")

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文档

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超文本标记语言	R脚本	三轮车:细胞周期的可转移表示和推断
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细节

biocViews	BiologicalQuestion，DimensionReduction，ImmunoOncology，RNASeq，SingleCell，软件，转录，转录组
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0),SingleCellExperiment
进口	方法,圆形，ggplot2，ggnewscale，AnnotationDbi，嘘，GenomicRanges，IRanges，S4Vectors，scattermore，dplyr，RColorBrewergrDevices统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	testthat(> = 3.0.0),BiocStyle，knitr，rmarkdown，CircStats，cowplot，htmltools，修拉，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/hansenlab/tricycle
BugReports	https://github.com/hansenlab/tricycle/issues
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	tricycle_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	tricycle_1.6.0.zip
macOS二进制(x86_64)	tricycle_1.6.0.tgz
macOS二进制(arm64)	tricycle_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tricycle
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/三轮车
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tricycle/
包下载报告	下载数据