treeio

DOI:10.18129 / B9.bioc.treeio

系统发生树输入和输出的基类和函数

Bioconductor版本:发行版(3.16)

'treeio'是一个R包，使其更容易导入和存储系统发育树与相关数据;并将不同来源的外部数据与系统发育联系起来。它还支持将具有异构关联数据的系统发育树导出到单个树文件，并可作为合并具有关联数据的树和转换文件格式的平台。

作者:于广创[aut, cre]、林赞玉[ctb, ths]、徐双斌[ctb]，布拉德利·琼斯[ctb]，凯西·邓恩[ctb]，泰勒·布拉德利[ctb]，康斯坦丁诺斯·盖尔斯[ctb]

维护人员:guangchuangyu

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“treeio”)

超文本标记语言	R脚本	treeio
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，注释，聚类，DataImport，DataRepresentation，MultipleSequenceAlignment，系统发生学，软件
版本	1.22.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.6.0)
进口	猿，dplyr，jsonlite，magrittr、方法、rlang，宠物猫，tidytree(>= 0.3.9)， utils
链接
建议	Biostrings，ggplot2，ggtree，igraph，knitr，rmarkdown，phangorn，prettydoc，testthat，tidyr，发呜呜声，xml2，yaml，purrr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/YuLab-SMU/treeio(猛击)https://docs.ropensci.org/treeio/(文档)https://www.amazon.com/Integration-Manipulation-Visualization-Phylogenetic-Computational-ebook/dp/B0B5NLZR1Z/(书)https://doi.org/10.1093/molbev/msz240(纸)
BugReports	https://github.com/YuLab-SMU/treeio/issues
全靠我
进口我	ggtree，MicrobiotaProcess，TreeSummarizedExperiment
建议我	enrichplot，ggtreeDendro，ggtreeExtra，rfaRm
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	treeio_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	treeio_1.22.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	treeio_1.22.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	treeio_1.21.2.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/treeio
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/treeio
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/treeio/
软件包下载报告	下载数据