treeio

DOI:10.18129 / B9.bioc.treeio

系统发生树输入和输出的基类和函数

Bioconductor版本:发行版(3.16)

'treeio'是一个R包,使其更容易导入和存储系统发育树与相关数据;并将不同来源的外部数据与系统发育联系起来。它还支持将具有异构关联数据的系统发育树导出到单个树文件,并可作为合并具有关联数据的树和转换文件格式的平台。

作者:于广创[aut, cre]、林赞玉[ctb, ths]、徐双斌[ctb],布拉德利·琼斯[ctb],凯西·邓恩[ctb],泰勒·布拉德利[ctb],康斯坦丁诺斯·盖尔斯[ctb]

维护人员:guangchuangyu

引文(从R内,输入引用(“treeio”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“treeio”)

超文本标记语言 R脚本 treeio
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 对齐注释聚类DataImportDataRepresentationMultipleSequenceAlignment系统发生学软件
版本 1.22.0
在Bioconductor BioC 3.5 (R-3.4)(5.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.6.0)
进口 dplyrjsonlitemagrittr、方法、rlang宠物猫tidytree(>= 0.3.9), utils
链接
建议 Biostringsggplot2ggtreeigraphknitrrmarkdownphangornprettydoctestthattidyr发呜呜声xml2yamlpurrr
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/YuLab-SMU/treeio(猛击)https://docs.ropensci.org/treeio/(文档)https://www.amazon.com/Integration-Manipulation-Visualization-Phylogenetic-Computational-ebook/dp/B0B5NLZR1Z/(书)https://doi.org/10.1093/molbev/msz240(纸)
BugReports https://github.com/YuLab-SMU/treeio/issues
全靠我
进口我 ggtreeMicrobiotaProcessTreeSummarizedExperiment
建议我 enrichplotggtreeDendroggtreeExtrarfaRm
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 treeio_1.22.0.tar.gz
Windows二进制 treeio_1.22.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) treeio_1.22.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) treeio_1.21.2.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/treeio
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/treeio
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/treeio/
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