石棉水泥板

DOI:10.18129 / B9.bioc.transite

rna结合蛋白基序分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

transite是一种计算方法，通过利用先前存在的基因表达数据和目前关于rna结合蛋白结合偏好的知识，可以全面分析rna结合蛋白在各种细胞过程中的调节作用。

作者:Konstantin Krismer [aut, cre, cph]，安娜·加廷格[au]，迈克尔·亚菲[法语]——伊恩·坎内尔[ths]

维护者:Konstantin Krismer < Krismer at mit.edu>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("transite")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“石棉水泥板”)

超文本标记语言	R脚本	频谱Motif分析(SPMA)
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，GeneSetEnrichment，遗传学，微阵列，软件，转录，mRNAMicroarray
版本	1.16.0
在Bioconductor公司	BioC 3.8 (R-3.5)(4年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.5)
进口	BiocGenerics(> = 0.26.0),Biostrings(> = 2.48.0),dplyr(> = 0.7.6),GenomicRanges(> = 1.32.6),ggplot2(> = 3.0.0),ggseqlogo(>= 0.1)， grDevices，gridExtra(>= 2.3)，方法，并行，Rcpp(> = 1.0.4.8),尺度(>= 1.0.0)， stats，TFMPvalue(>= 0.0.8)， utils
链接	Rcpp(> = 1.0.4.8)
建议	knitr(> = 1.20),rmarkdown(> = 1.10),roxygen2(> = 6.1.0),testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://transite.mit.edu
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	transite_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	transite_1.16.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	transite_1.16.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	transite_1.15.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/transite
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/transite
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/transite/
软件包下载报告	下载数据