tradeSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.tradeSeq

基于轨迹的测序数据差异表达分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

tradeSeq为拟合回归模型提供了一种灵活的方法，可用于寻找沿一个或多个谱系在轨迹上差异表达的基因。在拟合模型的基础上，它使用了适合回答不同感兴趣问题的各种测试，例如，发现表达与伪时间相关的基因，或沿轨迹(在特定区域)有差异表达的基因。对每个基因拟合一个负二项广义加性模型(GAM)，并对GAM的参数进行推断。

作者:Koen Van den Berge [aut]， Hector Roux de Bezieux [aut, cre]， Kelly Street [aut, ctb]， Lieven Clement [aut, ctb]， Sandrine Dudoit [ctb]

维护者:Hector Roux de Bezieux < Hector。在berkeley.edu rouxdebezieux >

安装

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如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("tradeSeq")

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文档

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browseVignettes(“tradeSeq”)

超文本标记语言		跨条件的微分表达式
超文本标记语言	R脚本	单片眼镜+ tradeSeq
超文本标记语言	R脚本	关于与fitGAM合作的更多细节
超文本标记语言	R脚本	tradeSeq工作流
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类，DifferentialExpression，GeneExpression，MultipleComparison，RNASeq，回归，测序，SingleCell，软件，TimeCourse，转录组，可视化
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6)
进口	mgcv，刨边机，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，弹弓，magrittr，RColorBrewer，BiocParallel，Biobase，pbapply，igraph，ggplot2，princurve、方法、S4Vectors，宠物猫，矩阵，TrajectoryUtils，冬青，matrixStats，质量
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，covr，clusterExperiment
SystemRequirements
增强了
URL	https://statomics.github.io/tradeSeq/index.html
BugReports	https://github.com/statOmics/tradeSeq/issues
取决于我	OSCA.advanced
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	tradeSeq_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	tradeSeq_1.12.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	tradeSeq_1.12.0.tgz
macOS二进制(arm64)	tradeSeq_1.11.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tradeSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ tradeSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tradeSeq/
包下载报告	下载数据