trackViewer

DOI:10.18129 / B9.bioc.trackViewer

R/Bioconductor软件包，具有web界面，可绘制优雅的交互式轨迹或棒棒糖图，以促进多组学数据的综合分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

为NGS数据集，如ChIP-seq, RNA-seq, miRNA-seq, DNA-seq, snp和甲基化数据，可视化映射读取和注释作为跟踪层。

作者:欧建宏[aut, cre]，朱丽华[au]

维护者:Jianhong Ou < Jianhong。或者在duke.edu >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("trackViewer")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“trackViewer”)

超文本标记语言	R脚本	trackViewer Vignette:改变轨道样式
超文本标记语言	R脚本	trackViewer装饰图案:dandelionPlot
超文本标记语言	R脚本	trackViewer装饰图案:lollipopPlot
超文本标记语言	R脚本	trackViewer装饰图案:概述
超文本标记语言	R脚本	trackViewer Vignette:情节交互数据
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文本		新闻

细节

biocViews	软件，可视化
版本	1.34.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (R-3.1)(8.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 3.5.0)， grDevices, methods，GenomicRanges、网格Rcpp
进口	GenomeInfoDb，GenomicAlignments，GenomicFeatures，Gviz，Rsamtools，S4Vectors，rtracklayer，BiocGenerics，尺度、工具、IRanges，AnnotationDbi，grImport，htmlwidgets，plotrix，Rgraphviz，InteractionSet，图跑龙套,rhdf5
链接	Rcpp
建议	biomaRt，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，RUnit，org.Hs.eg.db，BiocStyle，knitr，VariantAnnotation，httr，htmltools，rmarkdown，motifStack
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	NADfinder
建议我	ATACseqQC，ChIPpeakAnno
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	trackViewer_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	trackViewer_1.34.0.zip
macOS二进制(x86_64)	trackViewer_1.34.0.tgz
macOS二进制(arm64)	trackViewer_1.33.8.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/trackViewer
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ trackViewer
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/trackViewer/
包下载报告	下载数据