topGO

DOI:10.18129 / B9.bioc.topGO

基因本体的富集分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

topGO包提供了测试GO术语的工具，同时考虑GO图的拓扑结构。可以实现和应用不同的测试统计数据和消除GO术语之间的局部相似性和依赖性的不同方法。

作者:Adrian Alexa, Jorg Rahnenfuhrer

维护者:Adrian Alexa < Adrian。Alexa在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“topGO”)

PDF	R脚本	topGO
PDF		参考手册

细节

biocViews	微阵列，软件，可视化
版本	2.50.0
在Bioconductor	BioC 2.0 (R-2.5)(15.5年)
许可证	LGPL
取决于	R(>= 2.10.0)，方法，BiocGenerics(> = 0.13.6),图(> = 1.14.0),Biobase(> = 2.0.0),GO.db(> = tripwire),AnnotationDbi(> = 1.7.19),SparseM(> = 0.73)
进口	晶格，matrixStats，DBI
链接
建议	所有，hgu95av2.db，hgu133a.db，genefilter，xtable，乘，Rgraphviz，globaltest
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	BgeeDB，ccTutorial，cellTree，compEpiTools，EGSEA，理想的，maEndToEnd，moanin，tRanslatome
进口我	APL，BioMM，cellity，consICA，ExpHunterSuite，FoldGO，GOSim，GRaNIE，OmaDB，pcaExplorer，psygenet2r，transcriptogramer，ViSEAGO
建议我	FGNet，geva，IntramiRExploreR，miRNAtap，pareg，林格
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	topGO_2.50.0.tar.gz
Windows二进制	topGO_2.50.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	topGO_2.50.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	topGO_2.50.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/topGO
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/topGO
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/topGO/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/topGO/
软件包下载报告	下载数据