但在
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DOI:10.18129 / B9.bioc.tomoda
Tomo-seq数据分析
Bioconductor版本:发行版(3.16)
这个包提供了许多易于使用的方法来分析和可视化tomo-seq数据。tomo-seq技术是基于组织的冷冻切片，并在连续切片上执行RNA-seq。参考文献:Kruse F, Junker JP, van Oudenaarden A, Bakkers J. Tomo-seq:一种获取全基因组表达数据的空间分辨率方法。方法细胞生物学2016;135:299-307。该包的主要目的是在一个tomo-seq样本中找到具有相似转录谱和空间表达基因的区域。有几个可视化函数可用于创建易于修改的图形。
作者:刘文道[aut, cre]
维护人员:刘文道
引用(从R中，输入引用(“但”))：
安装
要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("tomoda")
对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:
browseVignettes(“但”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 但在 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | 聚类，GeneExpression，RNASeq，测序，软件，空间，转录组，可视化 |
| 版本 | 1.8.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.12 (R-4.0)(2年) |
| 许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
| 取决于 | R (> = 4.0.0) |
| 进口 | 方法、统计grDevices,reshape2，Rtsne，umap，RColorBrewer，ggplot2，ggrepel，SummarizedExperiment |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，rmarkdown，BiocStyle，testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/liuwd15/tomoda |
| BugReports | https://github.com/liuwd15/tomoda/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | tomoda_1.8.0.tar.gz |
| Windows二进制 | tomoda_1.8.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | tomoda_1.8.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | tomoda_1.7.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tomoda |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/但 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/tomoda/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
