删除包
从Bioconductor删除的软件包列表以及它们最后可用的登录页面。
使用Bioconductor 3.16版本删除的包
软件包:
- ABAEnrichment
- 自动调谐
- 萤石
- caOmicsV
- clonotypeR
- CountClust
- diffloop
- GCSConnection
- GCSFilesystem
- GenoGAM
- genphen
- gprege
- networkBMA
- 奥纳西斯
- perturbatr
- ppiStats
- ProteomicsAnnotationHubData
- PSICQUIC
- PubScore
- Rgin
- RmiR
- RpsiXML
- ScISI
- SLGI
- 寿司
- tofsims
- TSRchitect
实验数据包:
工作流软件包:
使用Bioconductor 3.15版本移除的包
软件包:
- affyPara
- 阿尔卑斯山脉
- 阿尔萨斯
- BrainStars
- dualKS
- ENCODExplorer
- ENVISIONQuery
- FindMyFriends
- GeneAnswers
- gramm4R
- KEGGprofile
- MSstatsTMTPTM
- MSGFplus
- MSGFgui
- 紧身的
- PanVizGenerator
- predictionet
- RGalaxy
- scClassifR
- SRGnet
- SwimR
实验数据包:
注释:包
使用Bioconductor 3.14版本移除的包
软件包:
- AffyExpress
- affyQCReport
- AnnotationFuncs
- ArrayTools
- bigmemoryExtras
- BiocCaseStudies
- CancerMutationAnalysis
- ChIPSeqSpike
- CompGO
- CoRegFlux
- CrossICC
- cytofast
- DBChIP
- dexus
- EasyqpcR
- 埃达
- eisa
- 肘
- ExpressionView
- FlowRepositoryR
- genoset
- HCABrowser
- HCAExplorer
- HCAMatrixBrowser
- Imetagene
- mdgsa
- metagenomeFeatures
- methyAnalysis
- MSEADbi
- OutlierD
- pcot2
- PCpheno
- Polyfit
- 帖子
- RchyOptimyx
- RDAVIDWebService
- RNAither
- RNAprobR
- rnaSeqMap
- SAGx
- samExploreR
- seqplots
- simulatorZ
- SSPA
- ToPASeq
- XBSeq
- yaqcaffy
实验数据包:
工作流软件包:
注释数据包:
- 所有12个lrbase . xxx . xxx .db包(替换为AHLRBaseDbs)
- 所有73个MeSH.XXX.eg.db包(替换为ahmeshdb)
- MafDb.gnomAD.r3.0.GRCh38
- MafH5.gnomAD.r3.0.GRCh38
- greengenes13.5MgDb
- ribosomaldatabaseproject11.5MgDb
- silva128.1MgDb
使用Bioconductor 3.13版本删除的包
软件包:
- 适应
- ArrayTV
- BioSeqClass
- 负责
- CNVtools
- CorMut
- DESeq(参见replacement DESeq2)
- 嵌合体
- explorase
- flowFit
- flowSpy
- flowType
- focalCall
- FourCSeq
- FunciSNP
- GenRank
- GeneticsDesign
- GGBase
- GGtools
- GOFunction
- gQTLBase
- gQTLstats
- hicrep
- ImpulseDE
- ImpulseDE2
- joda
- JunctionSeq
- 林肯
- Logolas
- mcaGUI
- metaArray
- metaseqR(参见replacement metaseqR2)
- methVisual
- methyvim
- Mirsynergy
- MmPalateMiRNA
- 遐(见更换的MOFA2)
- MotIV
- NarrowPeaks
- netbenchmark
- netReg
- OGSA
- OmicsMarkeR
- pathprint
- PathwaySplice
- PGA
- PGSEA
- 赢钱
- 普拉达
- 奖
- Rariant
- 犹太人的尊称
- Roleswitch
- rTANDEM
- sapFinder
- scsR
- shinyTANDEM
- sigaR
- 印
- simpleaffy
- spotSegmentation
- 斯塔尔
- SVAPLSseq
- TxRegInfra
- xps
实验数据包:
- flowFitExampleData
- FunciSNP.data
- geuvPack
- geuvStore2
- GGdata
- mitoODEdata
- Mulder2012
- methyvimData
- pathprintGEOData
- pcaGoPromoter.Hs.hg19
- pcaGoPromoter.Mm.mm9
- pcaGoPromoter.Rn.rn4
- waveTilingData
- yriMulti
使用Bioconductor 3.12版本移除的包
软件包:
- 限定符
- motifRG
- triform
- CVE
- proteoQC
- affypdnn
- splicegear
- Genominator
- IdMappingAnalysis
- IdMappingRetrieval
- 外套
- RefNet
- AnalysisPageServer
- scfind
- kimod
- plw
- cobindR
- LMGene
- sRAP
- gCMAP
- gCMAPWeb
- DChIPRep
- CTDquerier
- MTseeker
- readat
- anamiR
- CALIB
- cellGrowth
- chroGPS
- DEDS
- LVSmiRNA
- MCRestimate
- nem
- 爸爸
- pcaGoPromoter
- 一品脱的量
- RIPSeeker
- 圣诞老人
- waveTiling
- BayesPeak
- bgafun
- 哈哈
- M3D
- MergeMaid
- IPPD
- biosvd
- birta
- DupChecker
- 有限元法
- geecc
- MaxContrastProjection
- mitoODE
- 拖把
- PowerExplorer
- 维加
实验数据包:
注释数据包:
- hom.At.inp.db
- hom.Ce.inp.db
- hom.Dm.inp.db
- hom.Dr.inp.db
- hom.Hs.inp.db
- hom.Mm.inp.db
- hom.Rn.inp.db
- hom.Sc.inp.db
- KEGG.db(使用KEGGREST代替)
- MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.hs37d5
- MafDb.EXP6500SI.V2.SSA137.GRCh38
使用Bioconductor 3.11版本移除的包
软件包:
- SNPchip
- GenomeGraphs
- HTSanalyzeR
- Rchemcpp
- 魅力
- Pbase
- dSimer
- 啪嗒啪嗒地响
- exomePeak
- CNPBayes
- brainImageR
- plateCore
- rHVDM
- 国家环保总局
- condcomp
- birte
- mlm4omics
- RnaSeqSampleSize
- CAMTHC(重命名为debCAM)
实验数据包:
注释数据包:
- MafDb.gnomADex.r2.0.1.GRCh38(替换为MafDb.gnomADex.r2.1.GRCh38)
- MafDb.gnomAD.r2.0.1.GRCh38(替换为MafDb.gnomAD.r2.1.GRCh38)
- MafDb.gnomADex.r2.0.1.hs37d5(替换为MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5)
- MafDb.gnomAD.r2.0.1.hs37d5(替换为MafDb.gnomAD.r2.1.hs37d5)
- MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.hs37d5
- MafDb.EXP6500SI.V2.SSA137.GRCh38
使用Bioconductor 3.10版本删除的包
软件包:
- flowQ
- flowQB
- ProCoNA
- htSeqTools
- rMAT
- TSSi
- NGScopy
- spliceSites
- SVM2CRM
- rSFFreader
- DOQTL
- miRsponge(改名为mirsponer)
实验数据包:
使用Bioconductor 3.9版本删除的包
软件包:
- ampliQueso
- BiocInstaller(由BiocManager取代)
- cytofkit
- facopy
- 加乌乔人
- GeneSelector
- GoogleGenomics
- IrisSpatialFeatures
- mQTL。核磁共振
- 推动
- pbcmc
- prot2D
- RamiGO
实验数据包:
- iontreeData
- MSBdata(更名为MSMB)
使用Bioconductor 3.8版本删除的包
软件包:
实验数据包:
使用Bioconductor 3.7版本删除的包
软件包:
注释数据包:
使用Bioconductor 3.6版本删除的包
软件包:
实验数据包:
使用Bioconductor 3.5版本删除包
软件包:
实验数据包:
注释:包
- gahgu133a.db
- gahgu133acdf
- gahgu133aprobe
- gahgu133b.db
- gahgu133bcdf
- gahgu133bprobe
- gahgu133plus2.db
- gahgu133plus2cdf
- gahgu133plus2probe
- gahgu95av2.db
- gahgu95av2cdf
- gahgu95av2probe
- gahgu95b.db
- gahgu95bcdf
- gahgu95bprobe
- gahgu95c.db
- gahgu95ccdf
- gahgu95cprobe
- gahgu95d.db
- gahgu95dcdf
- gahgu95dprobe
- gahgu95e.db
- gahgu95ecdf
- gahgu95eprobe
- IlluminaHumanMethylation450k.db
- org.Sco.eg.db.html
- org.Tgondii.eg.db
9个软件包和1个实验数据包被标记为已弃用，将在下一个版本中删除。
使用Bioconductor 3.4版本删除的包
软件包:
- AffyTiling
- cellHTS
- DASiR
- DAVIDQuery
- GenoView
- inSilicoDb
- inSilicoMerging
- jmosaic
- metaX
- MMDiff
- neaGUI
- Rolexa
- RWebServices
- SJava
- SomaticCA
- 铲
实验数据包:
1个软件包和2个实验数据包被标记为已弃用，将在下一个版本中删除。
使用Bioconductor 3.3版本删除的包
在这个版本中没有删除任何包。17个包被标记为已弃用，将在下一个版本中删除。
使用Bioconductor 3.2版本删除的包
在这个版本中没有删除任何包。
Bioconductor 3.1版本删除的软件包
在Bioconductor 3.0版本中删除的软件包
使用Bioconductor 2.14版本删除的包
使用Bioconductor 2.13版本删除的包
使用Bioconductor 2.12版本删除的包
使用Bioconductor 2.11版本删除的包
使用Bioconductor 2.10版本删除的包
使用Bioconductor 2.9版本删除的包
- GeneSpring
- GeneTraffic
- makePlatformDesign
- Rdbi
- RdbiPgSQL
- rflowcyt
- Rredland
- Ruuid
- simulatorAPMS
- snpMatrix
