Bioconductor版本:发行版(3.16)
基因调控网络(GRN)建模旨在推断基因之间的依赖关系,从而提供对存在于细胞内的调控关系的洞察。该软件包提供了一种计算贝叶斯方法,用于使用三元网络模型从扰动实验中估计GRN,其中基因表达被离散为3种状态之一:向上、不变或向下)。ternarynet包包括一个副本交换蒙特卡洛算法的并行实现,用于使用MPI拟合网络模型。
作者:Matthew N. McCall
维护者:McCall N. Matthew
引文(从R内,输入引用(“ternarynet”)
):
要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“ternarynet”)
R脚本 | 三元网络:三元网络估计的计算贝叶斯方法 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 贝叶斯,CellBiology,GraphAndNetwork,网络,软件 |
版本 | 1.42.0 |
在Bioconductor | BioC 2.10 (R-2.15)(11年) |
许可证 | GPL (>= 2) |
取决于 | R (>= 4.0) |
进口 | 跑龙套,igraph,方法,图形,统计,BiocParallel |
链接 | |
建议 | testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | Rmpi,雪 |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | ternarynet_1.42.0.tar.gz |
Windows二进制 | ternarynet_1.42.0.zip |
macOS二进制文件(x86_64) | ternarynet_1.42.0.tgz |
macOS二进制文件(arm64) | ternarynet_1.42.0.tgz |
源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ternarynet |
源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ternarynet |
生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/ternarynet/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ternarynet/ |
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