tLOH

DOI:10.18129 / B9.bioc.tLOH

空间转录组学中LOH证据的评估使用贝叶斯因子计算预处理数据

Bioconductor版本:发行版(3.16)

tLOH，或转录组sloh，评估预处理的空间转录组数据中杂合性(LOH)丢失的证据。该工具需要VCF格式的可能杂合单核苷酸多态性(SNP)位置的空间转录组学聚类和等位基因计数信息。在每个SNP处计算贝叶斯因子，以确定杂合度事件潜在损失的可能性。包含两个绘图函数，以可视化每个染色体的等位基因分数和聚集贝叶斯因子。使用10X Genomics Visium空间基因表达平台生成的数据必须进行预处理，以获得每个聚类的列的单个样本VCF。必填字段为等位基因深度(AD)，包含参考/替代等位基因计数和读取深度(DP)。

作者:Michelle Webb [cre, aut]， David Craig [aut]

维护者:Michelle Webb

安装

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如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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超文本标记语言	R脚本	tLOH
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CopyNumberVariation，GeneExpression，单核苷酸多态性，软件，转录，转录组
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.2)
进口	尺度，统计，utils，ggplot2，data.table，purrr，dplyr，VariantAnnotation，GenomicRanges，MatrixGenerics，bestNormalize，depmixS4，naniar，stringr
链接
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/USCDTG/tLOH
BugReports	https://github.com/USCDTG/tLOH/issues
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包档案

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源包	tLOH_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	tLOH_1.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	tLOH_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	tLOH_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tLOH
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/tLOH
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/tLOH/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tLOH/
软件包下载报告	下载数据