systemPipeTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.systemPipeTools

数据可视化工具

Bioconductor版本:发行版(3.16)

systemPipeTools软件包扩展了广泛使用的systemPipeR (SPR)工作流环境，提供了增强的数据可视化工具包，包括用于差异表达基因(deg)分析的自动化数据可视化工具。systemPipeTools通过散点图、分层聚类热图、主成分分析、多维尺度、广义主成分、t-分布式随机邻居嵌入(t-SNE)以及MA和火山图提供数据转换和数据探索功能。所有这些实用程序都可以与systemPipeR环境的模块化设计集成，允许用户轻松地替换这些特性和/或自定义替代品。

作者:Daniela Cassol [aut, cre]， Ponmathi Ramasamy [aut]， Le Zhang [aut]， Thomas Girke [aut]

维护者:Daniela Cassol

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“systemPipeTools”)

超文本标记语言	R脚本	systemPipeTools数据可视化
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，DataImport，DifferentialExpression，ExperimentalDesign，基础设施，MultidimensionalScaling，PrincipalComponent，质量控制，ReportWriting，测序，软件
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	DESeq2，GGally，Rtsne，SummarizedExperiment，猿，dplyr，ggplot2，ggrepel，ggtree，glmpca，pheatmap，情节，宠物猫，magrittr，DT,统计数据
链接
建议	systemPipeR，knitr，BiocStyle，rmarkdown，testthat(> = 3.0.0),BiocGenerics，Biostrings、方法
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	systemPipeTools_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	systemPipeTools_1.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	systemPipeTools_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	systemPipeTools_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/systemPipeTools
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/systemPipeTools
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/systemPipeTools/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/systemPipeTools/
软件包下载报告	下载数据