systemPipeShiny

DOI:10.18129 / B9.bioc.systemPipeShiny

systemPipeShiny:一个工作流管理和可视化的交互式框架

Bioconductor版本:发行版(3.16)

systemPipeShiny (SPS)对广泛使用的systemPipeR (SPR)工作流环境进行了扩展，提供了一个由Shiny App提供的多功能图形用户界面。这允许非R用户，如实验人员，在不需要R知识的情况下交互式地运行许多systemPipeR的工作流设计、控制和可视化功能。最重要的是，SPS被设计为一个通用框架，用于以直观的方式与其他R包进行交互。与大多数闪亮应用一样，SPS既可以在本地计算机上使用，也可以在基于服务器的集中式部署上使用，后者可以作为公共web服务远程访问，使用SPR的功能与社区和/或私有数据。该框架可以集成来自R/Bioconductor生态系统的许多核心包。SPS目前功能的例子包括:(a)使用易于使用的表格编辑器或文件上传器交互式创建实验设计和元数据;(b)结合交互式设计工作流的R Markdown预览自动生成的工作流拓扑可视化;(d)使用广泛的数据处理程序;(e)和可扩展的可视化功能集。复杂的可视化结果可以在一个“画布工作台”上进行管理，允许用户结合会话快照功能，以一种高效的方式组织和比较绘图，以便在以后的时间继续工作。当前的一组预先配置的可视化示例。SPR的模块化设计使得不需要任何Shiny的知识就可以轻松地设计定制功能，也可以在未来通过社区的贡献来扩展环境。

作者:张乐[aut, cre]， Daniela Cassol [aut]， Ponmathi Ramasamy [aut]，张建海[aut]， Gordon Mosher [aut]， Thomas Girke [aut]

维护者:Le Zhang < Le。在email.ucr.edu zhang001 >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("systemPipeShiny")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“systemPipeShiny”)

超文本标记语言	R脚本	systemPipeShiny
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，DataImport，ExperimentalDesign，基础设施，质量控制，ReportWriting，测序，ShinyApps，软件
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 4.0.0),闪亮的(> = 1.6.0),spsUtil(> = 0.2.2),spsComps(> = 0.3.2),抽屉里(> = 0.2)
进口	DT，为了，bsplus，蜡笔，dplyr，ggplot2，htmltools，胶水，magrittr、方法、情节，rlang，rstudioapi，shinyAce，shinyFiles，shinyWidgets，shinydashboard，shinydashboardPlus(> = 2.0.0),shinyjqui，shinyjs，shinytoastr，stringr统计数据,斯泰勒，宠物猫跑龙套,发呜呜声(> = 1.3.1),yaml，R6，RSQLite，openssl
链接
建议	testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown，systemPipeR(> = 2.2.0),systemPipeRdata(> = 2.0.0),rhandsontable，邮政编码，callr，pushbar，fs，readr，R.utils，DESeq2，SummarizedExperiment，glmpca，pheatmap、网格猿，Rtsne，UpSetR，tidyr，esquisse(> = 1.1.0版),导游
SystemRequirements
增强了
URL	https://systempipe.org/spshttps://github.com/systemPipeR/systemPipeShiny
BugReports	https://github.com/systemPipeR/systemPipeShiny/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	systemPipeShiny_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	systemPipeShiny_1.8.0.zip
macOS二进制(x86_64)	systemPipeShiny_1.8.0.tgz
macOS二进制(arm64)	systemPipeShiny_1.7.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/systemPipeShiny
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ systemPipeShiny
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/systemPipeShiny/
包下载报告	下载数据