syntenet

DOI:10.18129 / B9.bioc.syntenet

同线性网络的推理和分析

Bioconductor版本:版本(3.17)

syntenet可以用来推断同线性网络从全基因组蛋白质序列和对它们进行分析。锚对与MCScanX检测算法,这是移植到这个包与Rcpp R和c++框架集成。同线性分析的锚对被视为一个无向(即未加权的图。同线性网络),用户可以执行:即网络聚类;二世。phylogenomic分析(通过识别哪些物种包含集群);三世。与最大似然microsynteny-based发展史重建。

作者:法布Almeida-Silva (aut (cre)道,赵(aut)克里斯蒂安·K乌尔里希(aut),伊夫Van de同行(aut)

维护人员:法布Almeida-Silva < fabricio_almeidasilva hotmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“syntenet”)

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HTML	R脚本	同线性网络的推理和分析
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细节

biocViews	ComparativeGenomics,FunctionalGenomics,GraphAndNetwork,网络,NetworkInference,系统发生学,软件,SystemsBiology,WholeGenome
版本	1.2.2
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2)
进口	Rcpp (> = 1.0.8),GenomicRangesrlang,Biostrings,rtracklayer跑龙套,方法、igraph统计,grDevices, RColorBrewer, pheatmap, ggplot2, ggnetwork,鹰图,networkD3
链接	Rcpp, testthat
建议	BiocStyle,ggtree,covr labdsv knitr、rmarkdown testthat (> = 3.0.0), xml2
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/almeidasilvaf/syntenet
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/syntenet
取决于我
进口我	doubletrouble
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	syntenet_1.2.2.tar.gz
Windows二进制	syntenet_1.2.2.zip
macOS二进制(x86_64)	syntenet_1.2.2.tgz
macOS二进制(arm64)	syntenet_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/syntenet
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ syntenet
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/syntenet/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/syntenet/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.17源码包	源存档