synapter

DOI:10.18129 / B9.bioc.synapter

Label-free数据分析管道最优识别和定量

Bioconductor版本:版本(3.17)

可利用label-free synapter包提供功能蛋白质组学数据获得Synapt G2质谱仪。一个或多个运行时,可能处理额外的离子流动分离,以提高识别的准确性可以结合其他定量文件最大化识别和定量精度。

作者:Laurent与尼克·j·邦德,帕维尔诉Shliaha和塞巴斯蒂安·吉布。

维修工:Laurent与<劳伦。与uclouvain。是>塞巴斯蒂安·吉布<邮件在sebastiangibb.de >

从内部引用(R,回车引用(“synapter”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“synapter”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“synapter”)

HTML R脚本 结合HDMSe / MSe数据使用的synapter优化识别和定量
HTML R脚本 片段匹配使用“synapter”
HTML R脚本 Synapter2和synergise2
PDF 参考手册

细节

biocViews ImmunoOncology,MassSpectrometry,蛋白质组学,质量控制,软件
版本 2.24.0
Bioconductor自 BioC 2.11 (r - 2.15)(10.5年)
许可证 GPL-2
取决于 R(> = 3.1.0)、方法MSnbase(> = 2.1.2)
进口 RColorBrewer晶格,qvalue,,跑龙套,工具,Biobase,Biostrings,切肉刀(> = 1.3.3)readr (> = 0.2), rmarkdown (> = 1.0)
链接
建议 synapterdata(> = 1.13.2)、xtable testthat (> = 0.8),大脑,BiocStyle,knitr
SystemRequirements
增强了
URL https://lgatto.github.io/synapter/
取决于我 synapterdata
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 synapter_2.24.0.tar.gz
Windows二进制 synapter_2.24.0.zip
macOS二进制(x86_64) synapter_2.24.0.tgz
macOS二进制(arm64) synapter_2.23.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/synapter
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ synapter
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/synapter/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/synapter/
包下载报告 下载数据

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