突触

DOI:10.18129 / B9.bioc.synapsis

R包自动化分析双链断裂修复在减数分裂

Bioconductor版本:版本(3.17)

突触是自动化的Bioconductor软件包(公正的和可再生的)减数分裂免疫荧光分析数据集。软件的主要功能我可以)识别标记的细胞在减数分裂前期synaptonemal复杂轴或核心蛋白,(二)孤立个体synaptonemal复合物和测量他们的实际长度,3)量化疫源地,co-localise synaptonemal复合物,iv)测量干扰synaptonemal之间的复杂联系疫源地。的软件应用程序的分析扩展到多个物种和其他标签减数分裂前期染色体的蛋白质。软件将减数分裂免疫荧光图像转换成R数据帧兼容机器学习方法。减数分裂的显微镜图像传播的给定一组幻灯片,突触作物图像单个单个细胞,计数colocalising焦点在每个细胞链基础上,和措施在任何给定链焦点之间的距离。

作者:露西麦克尼尔(cre, aut cph],韦恩Crismani牧师,施

维护人员:露西麦克尼尔<卢克。麦克尼尔在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“突触”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“突触”)

HTML	R脚本	Using-synapsis
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	SingleCell,软件
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1)
进口	EBImage,统计,跑龙套,图形
链接
建议	knitr、rmarkdown testthat (> = 3.0.0), ggplot2, tidyverse,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	synapsis_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	synapsis_1.6.0.zip
macOS二进制(x86_64)	synapsis_1.6.0.tgz
macOS二进制(arm64)	synapsis_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/synapsis
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/突触
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/synapsis/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/synapsis/
包下载报告	下载数据