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- Bioconductor 3.16
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supersigs
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DOI:10.18129 / B9.bioc.supersigs
监督突变签名
Bioconductor版本:版本(3.16)
生成SuperSigs(监督突变签名)在癌症基因组单核苷酸变异。函数包含在包允许用户学习监督突变签名的数据,并将它们应用到新的数据。中描述的方法是基于一个艾弗里(2021年,ELife)。
作者:阿尔伯特·郭(aut (cre)
张(aut),一帆Bahman艾弗里(aut),克里斯蒂安·Tomasetti (aut)
维护人员:阿尔伯特·郭< albertkuo jhu.edu >
从内部引用(R,回车引用(“supersigs”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“supersigs”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“supersigs”)
| HTML | R脚本 | 使用supersigs |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 分类,FeatureExtraction,回归,测序,软件,SomaticMutation,WholeGenome |
| 版本 | 1.6.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (> = 4.1) |
| 进口 | 为了,脱字符号,dplyr,tidyr,rsample、方法、rlang跑龙套,Biostrings统计数据,SummarizedExperiment |
| 链接 | |
| 建议 | BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,knitr,rmarkdown,ggplot2,testthat,VariantAnnotation |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://tomasettilab.github.io/supersigs/ |
| BugReports | https://github.com/TomasettiLab/supersigs/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | supersigs_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | supersigs_1.6.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | supersigs_1.6.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | supersigs_1.6.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/supersigs |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ supersigs |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/supersigs/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/supersigs/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
