structToolbox

DOI:10.18129 / B9.bioc.structToolbox

代谢组学和其他组学的数据处理和分析工具

Bioconductor版本:发行版(3.16)

代谢组学和其他组学的广泛的数据(预)处理和分析方法和工具,非常强调统计学和机器学习。这个工具箱允许用户为数据分析构建广泛和标准化的工作流。这些方法和工具已经使用struct (R中使用基于类的模板的统计数据)包提供的基于类的模板实现。工具箱包括预处理方法(例如信号漂移和批量校正,归一化,缺失值imputation和scaling),单变量(例如ttest,各种形式的ANOVA, Kruskal-Wallis检验等)和多元统计方法(例如PCA和PLS,包括交叉验证和排列测试)以及机器学习方法(例如支持向量机)。统计本体(statto)已经被集成和实现,为不同的方法、输入和输出提供标准化的定义。

作者:Gavin Rhys Lloyd [aut, cre]——拉尔夫·约翰内斯·玛丽亚·韦伯[au]

维护者:Gavin Rhys Lloyd

引文(从R内,输入引用(“structToolbox”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE))安装包("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“structToolbox”)

超文本标记语言 R脚本 使用structToolbox对代谢组学和其他组学数据集进行数据分析
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 代谢组学软件WorkflowStep
版本 1.10.0
在Bioconductor BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 4.0),结构体(> = 1.5.1)
进口 ggplot2ggthemes、网格gridExtra、方法、尺度sp,统计,效用
链接
建议 agricolaeBiocFileCacheBiocStylecovrcowplote1071emmeansggdendroknitr魔法nlmeopenxlsxpmpreshape2roplsrmarkdownRtsnetestthatrappdirs
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/computational-metabolomics/structToolbox
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建议我 metabolomicsWorkbenchR
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 structToolbox_1.10.0.tar.gz
Windows二进制 structToolbox_1.10.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64) structToolbox_1.10.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) structToolbox_1.9.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/structToolbox
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/structToolbox
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/structToolbox/
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