structToolbox

DOI:10.18129 / B9.bioc.structToolbox

代谢组学和其他组学的数据处理和分析工具

Bioconductor版本:发行版(3.16)

代谢组学和其他组学的广泛的数据(预)处理和分析方法和工具，非常强调统计学和机器学习。这个工具箱允许用户为数据分析构建广泛和标准化的工作流。这些方法和工具已经使用struct (R中使用基于类的模板的统计数据)包提供的基于类的模板实现。工具箱包括预处理方法(例如信号漂移和批量校正，归一化，缺失值imputation和scaling)，单变量(例如ttest，各种形式的ANOVA, Kruskal-Wallis检验等)和多元统计方法(例如PCA和PLS，包括交叉验证和排列测试)以及机器学习方法(例如支持向量机)。统计本体(statto)已经被集成和实现，为不同的方法、输入和输出提供标准化的定义。

作者:Gavin Rhys Lloyd [aut, cre]——拉尔夫·约翰内斯·玛丽亚·韦伯[au]

维护者:Gavin Rhys Lloyd

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE))安装包("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“structToolbox”)

超文本标记语言	R脚本	使用structToolbox对代谢组学和其他组学数据集进行数据分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	代谢组学，软件，WorkflowStep
版本	1.10.0
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.0)，结构体(> = 1.5.1)
进口	ggplot2，ggthemes、网格gridExtra、方法、尺度，sp，统计，效用
链接
建议	agricolae，BiocFileCache，BiocStyle，车，covr，cowplot，e1071，emmeans，ggdendro，knitr，魔法，nlme，openxlsx，请，pmp，reshape2，ropls，rmarkdown，Rtsne，testthat，rappdirs
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/computational-metabolomics/structToolbox
全靠我
进口我
建议我	metabolomicsWorkbenchR
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	structToolbox_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	structToolbox_1.10.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	structToolbox_1.10.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	structToolbox_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/structToolbox
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/structToolbox
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/structToolbox/
软件包下载报告	下载数据