strandCheckR

DOI:10.18129 / B9.bioc.strandCheckR

计算strandness bam文件信息

Bioconductor版本:版本(3.17)

这个包的目的是量化和删除公认的从strand-specific RNA双链DNA样本。也有选择和方法绘制所有滑动窗口的正/负比例,这允许用户了解多少样品的污染和适当的阈值用于过滤。

作者:Thu-Hien (aut (cre),史蒂夫Pederson (aut)

维护人员:Thu-Hien < tothuhien gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“strandCheckR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“strandCheckR”)

HTML	R脚本	介绍strandCheckR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,报道,ImmunoOncology,质量控制,RNASeq,软件
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于
进口	dplyr magrittr,GenomeInfoDb,GenomicAlignments,GenomicRanges,IRanges,Rsamtools,S4Vectors、网格BiocGenericsgridExtra ggplot2 reshape2,统计数据,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene、方法、stringr rmarkdown
链接
建议	BiocStyle、knitr testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/UofABioinformaticsHub/strandCheckR
BugReports	https://github.com/UofABioinformaticsHub/strandCheckR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	strandCheckR_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	strandCheckR_1.18.0.zip
macOS二进制(x86_64)	strandCheckR_1.18.0.tgz
macOS二进制(arm64)	strandCheckR_1.17.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/strandCheckR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ strandCheckR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/strandCheckR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/strandCheckR/
包下载报告	下载数据