standR

DOI:10.18129 / B9.bioc.standR

纳米串DSP数据的空间转录组分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

standR是一个用户友好的R包，提供了一些功能，以帮助Nanostring对GeoMX DSP数据进行良好的实践分析。包中的所有功能都是基于SpatialExperiment对象构建的，允许集成到来自Bioconductor的各种空间转录组学相关包中。standR允许数据检查，质量控制，标准化，批次校正和评估与信息可视化。

作者:刘宁[aut, cre]， Dharmesh D Bhuva [au]，艾哈迈德·穆罕默德[au]

维护者:Ning Liu < Liu。N在wehi.edu.au>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("standR")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“standR”)

超文本标记语言	R脚本	standR_introduction
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression，ExperimentHubSoftware，GeneExpression，归一化，质量控制，软件，空间，转录组
版本	1.2.0
在Bioconductor公司	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.1)
进口	dplyr，SpatialExperiment(> = 1.5.2),SummarizedExperiment，SingleCellExperiment，刨边机，rlang，readr，宠物猫，ggplot2，tidyr，ruv，limma，拼接而成，S4Vectors，Biobase，BiocGenerics， grDevices，统计，方法，ggalluvial，mclustcomp，RUVSeq
链接
建议	knitr，ExperimentHub，rmarkdown，嘘，uwot，ggpubr，ggrepel，集群，testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/DavisLaboratory/standR
BugReports	https://github.com/DavisLaboratory/standR/issues
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	standR_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	standR_1.2.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	standR_1.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	standR_1.1.6.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/standR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/standR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/standR/
软件包下载报告	下载数据