stJoincount

DOI:10.18129 / B9.bioc.stJoincount

stJoincount——加入计数统计量化空间集群之间的相关性

Bioconductor版本:版本(3.17)

stJoincount促进加入统计分析的应用空间转录组数据产生的10倍基因组Visium平台。这个工具第一标记空间组织地图转换成栅格对象,每个空间特性是由一个像素由标签编码任务。这个过程包括自动计算最佳光栅分辨率和程度的样本。光栅的邻居列表然后创建示例中,相邻和对角线为每个像素确定邻居。后向邻居列表,添加二进制空间权重multi-categorical加入执行统计分析汇总所有可能的组合之间的“连接”的标签。函数返回观察到的加入,预期的空间随机性数条件下,非自由抽样下的方差计算。然后计算z分数是观察和预期之间的差异,除以方差的平方根。

作者:Jiarong歌(cre, aut)拉尼亚Bassiouni (aut),大卫·克雷格(aut)

维修工:Jiarong歌曲< songjiar usc.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“stJoincount”)

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文档

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HTML	R脚本	介绍stJoincount
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BiocViews,聚类,软件,空间,转录组
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	图形、统计、dplyr magrittr sp,光栅,spdep, ggplot2, pheatmap, grDevices,修拉,SpatialExperiment,SummarizedExperiment
链接
建议	BiocStyle,rmarkdown knitr testthat (> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Nina-Song/stJoincount
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	stJoincount_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	stJoincount_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	stJoincount_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	stJoincount_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/stJoincount
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ stJoincount
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/stJoincount/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/stJoincount/
包下载报告	下载数据