srnadiff

DOI:10.18129 / B9.bioc.srnadiff

寻找差异表达从RNA-seq数据未经基因组区域

Bioconductor版本:版本(3.17)

srnadiff包,发现不同地区从RNA-seq数据表达base-resolution水平不依赖现有的注释。为此,包实现了identify-then-annotate方法相结合的理念建立在两个管道接近微分微分表达式表示区域检测和量化。它读取BAM文件作为输入,输出不同地区列表,连同假定值调整。

作者:Zytnicki马提亚(aut (cre),冈萨雷斯Ignacio (aut)

维修工:Zytnicki马提亚<马蒂亚斯。在inra.fr zytnicki >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“srnadiff”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	报道,DifferentialExpression,表观遗传学,GeneExpression,ImmunoOncology,预处理,SmallRNA,软件,StatisticalMethod
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6)
进口	Rcpp(> = 0.12.8)、方法devtools,S4Vectors,GenomeInfoDb,rtracklayer,SummarizedExperiment,IRanges,GenomicRanges,DESeq2,刨边机,baySeq,Rsamtools,GenomicFeatures,GenomicAlignmentsgrDevices,Gviz,BiocParallel,BiocStyle,BiocManager
链接	Rcpp
建议	knitr、rmarkdown testthat BiocManager,BiocStyle
SystemRequirements	c++ 11
增强了
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/srnadiff
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ srnadiff
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/srnadiff/
包下载报告	下载数据