spatzie

DOI:10.18129 / B9.bioc.spatzie

从染色质相互作用数据鉴定富集基序对

Bioconductor版本:发行版(3.16)

从增强子-启动子相互作用数据中识别显著共富集的基序。虽然增强程序-启动程序注释通常用于定义交互锚点组，但spatzie还支持预处理的交互锚点之间的共同富集分析。支持来自全基因组分析(如HiC, ChIA-PET和HiChIP)的BEDPE相互作用数据。也可用于在两个相互作用实验之间寻找差异富集的motif对。

作者:Jennifer Hammelman [aut, cre, cph]，康斯坦丁·克里斯默[au]，大卫·吉福德[ths, cph]

维护者:Jennifer Hammelman

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“spatzie”)

超文本标记语言		YY1 ChIA-PET基序分析(单次调用)
超文本标记语言		YY1 gia - pet motif分析(分步)
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，DNA3DStructure，表观遗传学，FunctionalGenomics，GeneRegulation，嗝，PeakDetection，软件，转录
版本	1.4.0
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)
进口	BiocGenerics，BSgenome，GenomeInfoDb，GenomicFeatures，GenomicInteractions，GenomicRanges，ggplot2，IRanges，matrixStats，motifmatchr，S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment，TFBSTools,跑龙套
链接
建议	BiocManager，Biostrings，knitr，pheatmap，rmarkdown，testthat，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL	https://spatzie.mit.edu
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	spatzie_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	spatzie_1.4.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	spatzie_1.4.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	spatzie_1.3.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spatzie
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/spatzie
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/spatzie/
软件包下载报告	下载数据