麻雀

DOI:10.18129 / B9.bioc.sparrow

通过统一的接口来控制集丰富分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

为来自不同生物导体包的各种GSEA技术提供统一接口。结果被协调成一个单一的对象，可以统一地查询，以便快速地探索和解释结果。通过麻雀提供的闪亮应用程序，可以对GSEA结果进行交互式探索。闪亮的兄弟姐妹包。

作者:Steve Lianoglou [aut, cre]， Arkadiusz Gladki [ctb]， Denali Therapeutics [fnd] (2018+)， Genentech [fnd] (2014 - 2017)

维护者:Steve Lianoglou

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“麻雀”)

超文本标记语言	R脚本	用麻雀进行基因集富集分析
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneSetEnrichment，通路，软件
版本	1.4.0
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)
进口	babelgene(> = 21.4),BiocGenerics，BiocParallel，BiocSet，使彻底失败，circlize，ComplexHeatmap(> = 2.0),data.table(> = 1.10.4),DelayedMatrixStats，刨边机(> = 3.18.1),ggplot2(>= 2.2.0)，图形，grDevices，GSEABase，irlba，limma，矩阵、方法、情节(>= 4.9.0)， stats, utils，冬青
链接
建议	AnnotationDbi，BiasedUrn，Biobase(> = 2.24.0),BiocStyle，DESeq2，dplyr，dtplyr，fgsea，GSVA，GO.db，goseq，hexbin，magrittr，matrixStats，msigdbr(> = 7.4.1)KernSmooth，knitr，PANTHER.db(> = 1.0.3),R.utils，reactome.db，rmarkdown，SummarizedExperiment，statmod，stringr，testthat，webshot
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/lianos/sparrow
BugReports	https://github.com/lianos/sparrow/issues
全靠我
进口我
建议我	gCrisprTools
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	sparrow_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	sparrow_1.4.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	sparrow_1.4.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	sparrow_1.3.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sparrow
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/sparrow
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sparrow/
软件包下载报告	下载数据