弹弓

DOI:10.18129 / B9.bioc.slingshot

订购单细胞测序的工具

Bioconductor版本:发行版(3.16)

提供用于推断低维数据中连续的分支谱系结构的函数。Slingshot被设计用于模拟单细胞RNA测序数据中的发育轨迹,并作为降维和聚类后分析管道中的组件。它足够灵活,可以处理任意多的分支事件,并允许通过监督图构造合并先验知识。

作者:Kelly Street [aut, cre, cph], Davide Risso [aut], Diya Das [aut], Sandrine Dudoit [ths], Koen Van den Berge [ctb], Robrecht Cannoodt [ctb] ( rcannood)

维护者:Kelly Street < Street。凯利在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“弹弓”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“弹弓”)

超文本标记语言 R脚本 微分拓扑:沿轨迹比较条件
超文本标记语言 R脚本 弹弓:单细胞数据的轨迹推断
PDF 参考手册

细节

biocViews 聚类DifferentialExpressionGeneExpressionRNASeq测序SingleCell软件转录组可视化
版本 2.6.0
在Bioconductor BioC 3.8 (R-3.5)(4年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 4.0),princurve(>= 2.0.4), stats,TrajectoryUtils
进口 图形、grDevicesigraphmatrixStats、方法、S4VectorsSingleCellExperimentSummarizedExperiment
链接
建议 BiocGenericsBiocStyleclusterExperimentDelayedMatrixStatsknitrmclustmgcvRColorBrewerrglrmarkdowntestthatuwotcovr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/kstreet13/slingshot/issues
全靠我 OSCA.advanced
进口我 调味品tradeSeqtraviz
建议我 鸭嘴兽,RaceID
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 slingshot_2.6.0.tar.gz
Windows二进制 slingshot_2.6.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64) slingshot_2.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) slingshot_2.6.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/slingshot
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/slingshot
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/slingshot/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/slingshot/
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