sitePath

DOI:10.18129 / B9.bioc.sitePath

基于系统发育的序列聚类与位点多态性

Bioconductor版本:发行版(3.16)

利用位点多态性是聚类DNA/蛋白质序列的方法之一，但在单个位点上具有相同多态性的序列可能存在遗传距离。该软件包旨在利用位点多态性及其相应的系统发育树对序列进行聚类。通过考虑它们在树中的位置，只有结构上相邻的序列将被聚类。但是，相邻序列不一定具有相同的多态性。因此，采用分支定界算法来最小化代表每个聚类的站点多态性纯度的熵。

作者:纪承阳[aut, cre, cph]，周航宇[ths]，吴爱萍[ths]

维护者:城阳吉<城阳。Ji12在alumni.xjtlu.edu.cn>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“sitePath”)

超文本标记语言	R脚本	sitePath的介绍
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐，MultipleSequenceAlignment，系统发生学，单核苷酸多态性，软件
版本	1.14.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(3.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.1)
进口	RColorBrewer，Rcpp，猿，aplot，ggplot2，ggrepel，ggtree，图形，grDevices，gridExtra，方法，并行，seqinr统计数据,tidytree,跑龙套
链接	Rcpp
建议	BiocStyle，devtools，knitr，魔法，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://wuaipinglab.github.io/sitePath/
BugReports	https://github.com/wuaipinglab/sitePath/issues
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	sitePath_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	sitePath_1.14.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	sitePath_1.14.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	sitePath_1.13.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sitePath
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/sitePath
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sitePath/
软件包下载报告	下载数据