sitadela

DOI:10.18129 / B9.bioc.sitadela

R包简单的提供简单而完整的基因组注释从各种各样的来源和生物一样

Bioconductor版本:版本(3.16)

提供了一个接口来构建一个统一的数据库的基因组注释和坐标(基因、转录和外显子的水平)。时,其目的是使用简单的注释(或简单农庄对象)一样是必需的,而不是更复杂的注释Bioconductor包。时也有用组合reuired注释元素,如RefSeq坐标与运用生物型。最后,它可以下载、构建和处理与版本注释基因和转录(最新可用的地方,例如RefSeq和运用)。这是在精密医学应用中特别有用,后者必须报告。

作者:Panagiotis Moulos (aut (cre)

维护人员:Panagiotis Moulos < Moulos在fleming.gr >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“sitadela”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“sitadela”)

HTML	R脚本	构建一个简单的注释数据库
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细节

biocViews	AlternativeSplicing,BiomedicalInformatics,ChIPSeq,DataImport,FunctionalGenomics,RNASeq,测序,软件,SystemsBiology,转录,转录组,WorkflowStep
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	Biobase,BiocGenerics,biomaRt,Biostrings,GenomeInfoDb,GenomicFeatures,GenomicRanges,IRanges、方法、并行Rsamtools,RSQLite,rtracklayer,S4Vectors、工具、跑龙套
链接
建议	BSgenome,knitr,rmarkdown,RMySQL,RUnit
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/pmoulos/sitadela
BugReports	https://github.com/pmoulos/sitadela/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	sitadela_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	sitadela_1.6.0.zip
macOS二进制(x86_64)	sitadela_1.6.0.tgz
macOS二进制(arm64)	sitadela_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sitadela
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ sitadela
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/sitadela/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sitadela/
包下载报告	下载数据