singscore

DOI:10.18129 / B9.bioc.singscore

Rank-based single-sample基因设置评分法

Bioconductor版本:版本(3.17)

一个简单single-sample基因签名计分法,使用rank-based统计分析样本的基因表达谱。分数的表达活动基因集single-sample层面。

作者:Dharmesh d Bhuva (aut),Ruqian律(aut,施莱),Momeneh Foroutan (aut,施莱),Malvika Kharbanda (aut (cre)

维护人员:Malvika Kharbanda < Kharbanda。米在wehi.edu.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“singscore”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“singscore”)

HTML	R脚本	单样本评分
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,GeneSetEnrichment,软件
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6)
进口	方法、数据、图形、ggplot2、grDevices ggrepel,GSEABase、阴谋、tidyr plyr magrittr,重塑,刨边机RColorBrewer,Biobase,BiocParallel,SummarizedExperimentmatrixStats reshape2,S4Vectors
链接
建议	pkgdown,BiocStyle,knitr hexbin rmarkdown、testthat covr
SystemRequirements
增强了
URL	https://davislaboratory.github.io/singscore
BugReports	https://github.com/DavisLaboratory/singscore/issues
取决于我
进口我	TBSignatureProfiler
建议我	mastR,msigdb,vissE
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	singscore_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	singscore_1.20.0.zip
macOS二进制(x86_64)	singscore_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64)	singscore_1.19.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/singscore
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ singscore
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/singscore/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/singscore/
包下载报告	下载数据