singleCellTK

DOI:10.18129 / B9.bioc.singleCellTK

单细胞RNA-Seq数据的综合和交互式分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

singleCellTK包中的单细胞工具包(SCTK)为流行的工具提供了一个接口,用于导入、质量控制、分析和单细胞RNA-seq数据可视化。SCTK允许用户在分析工作流的不同阶段无缝地集成来自不同包的工具。一般的“单点”工作流程使用户能够访问多种方法,用于数据导入、一般QC指标的计算、双态检测、环境RNA估计和去除、过滤、归一化、批量校正或集成、降维、2-D嵌入、聚类、标记检测、差异表达、细胞类型标记、通路分析和数据导出。策展工作流可用于运行Seurat和Celda。可以使用SCTK-QC管道在命令行上执行简化的质量控制。用户可以使用R控制台中的命令或交互式的图形用户界面(GUI)分析他们的数据。具体的分析或整个工作流程可以总结并与Rmarkdown生成的全面HTML报告共享。更多的文档和插图可以在camplab.net/sctk上找到。

作者:王一晨[aut, cre], Irzam Sarfraz [au],洪睿[aut],古贺佑介[aut],萨拉姆·阿拉卜杜拉提夫[aut],大卫·詹金斯[aut], Vidya Akavoor [aut],曹新云[aut], Shruthi Bandyadka [aut], Anastasia Leshchyk [aut], Tyler Faits [aut], Mohammed Muzamil Khan [aut],王哲[aut], W. Evan Johnson [aut],约书亚·大卫·坎贝尔[au]

维护者:王一晨

引文(从R内,输入引用(“singleCellTK”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“singleCellTK”)

超文本标记语言 R脚本 1.singleCellTK简介
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 对齐BatchEffect聚类DataImportDifferentialExpressionGUIGeneExpressionImmunoOncology归一化质量控制SingleCell软件
版本 2.8.0
在Bioconductor BioC 3.7 (R-3.5)(4.5年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 4.0),SummarizedExperimentSingleCellExperimentDelayedArrayBiobase
进口 AnnotationHub后面;BiocParallelcelldexcolourpicker色彩cowplot集群ComplexHeatmapdata.tableDelayedMatrixStatsDESeq2dplyrDTExperimentHubensembldb字段ggplot2ggplotifyggrepelggtreegridExtraGSVA(> = 1.26.0),GSVAdataigraphKernSmoothlimma桅杆矩阵matrixStats、方法、msigdbr情节plyrROCRRtsneS4VectorsscMerge(> = 1.2.0),食物修拉(> = 3.1.3),闪亮的shinyjsSoupX股东价值分析reshape2shinyalertcirclizeenrichRceldashinycssloadersDropletUtilsscds(> = 1.2.0),网状(>= 1.14),工具,tximport鱼池withrGSEABaseR.utilszinbwavescRNAseq(> = 2.0.2),TENxPBMCDatayamlrmarkdownmagrittrscDblFindermetapVAM(> = 0.5.3),宠物猫rlangTSCANTrajectoryUtils天窗, utils,统计
链接
建议 testthatRsubreadBiocStyleknitrlintr拼写org.Mm.eg.dbstringrkableExtrashinythemesshinyBSshinyjquishinyWidgetsshinyFilesBiocGenericsRColorBrewerfastmap(>= 1.1.0),和谐
SystemRequirements
增强了
URL https://www.camplab.net/sctk/
BugReports https://github.com/compbiomed/singleCellTK/issues
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 singleCellTK_2.8.0.tar.gz
Windows二进制 singleCellTK_2.8.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) singleCellTK_2.8.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/singleCellTK
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/singleCellTK
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/singleCellTK/
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