singleCellTK

DOI:10.18129 / B9.bioc.singleCellTK

单细胞RNA-Seq数据的综合和交互式分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

singleCellTK包中的单细胞工具包(SCTK)为流行的工具提供了一个接口，用于导入、质量控制、分析和单细胞RNA-seq数据可视化。SCTK允许用户在分析工作流的不同阶段无缝地集成来自不同包的工具。一般的“单点”工作流程使用户能够访问多种方法，用于数据导入、一般QC指标的计算、双态检测、环境RNA估计和去除、过滤、归一化、批量校正或集成、降维、2-D嵌入、聚类、标记检测、差异表达、细胞类型标记、通路分析和数据导出。策展工作流可用于运行Seurat和Celda。可以使用SCTK-QC管道在命令行上执行简化的质量控制。用户可以使用R控制台中的命令或交互式的图形用户界面(GUI)分析他们的数据。具体的分析或整个工作流程可以总结并与Rmarkdown生成的全面HTML报告共享。更多的文档和插图可以在camplab.net/sctk上找到。

作者:王一晨[aut, cre]， Irzam Sarfraz [au]，洪睿[aut]，古贺佑介[aut]，萨拉姆·阿拉卜杜拉提夫[aut]，大卫·詹金斯[aut]， Vidya Akavoor [aut]，曹新云[aut]， Shruthi Bandyadka [aut]， Anastasia Leshchyk [aut]， Tyler Faits [aut]， Mohammed Muzamil Khan [aut]，王哲[aut]， W. Evan Johnson [aut]，约书亚·大卫·坎贝尔[au]

维护者:王一晨

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“singleCellTK”)

超文本标记语言	R脚本	1.singleCellTK简介
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐，BatchEffect，聚类，DataImport，DifferentialExpression，GUI，GeneExpression，ImmunoOncology，归一化，质量控制，SingleCell，软件
版本	2.8.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(4.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)，SummarizedExperiment，SingleCellExperiment，DelayedArray，Biobase
进口	猿，AnnotationHub，后面;，BiocParallel，celldex，colourpicker，色彩，cowplot，集群，ComplexHeatmap，data.table，DelayedMatrixStats，DESeq2，dplyr，DT，ExperimentHub，ensembldb，字段，ggplot2，ggplotify，ggrepel，ggtree，gridExtra，GSVA(> = 1.26.0),GSVAdata，igraph，KernSmooth，limma，桅杆，矩阵，matrixStats、方法、msigdbr，乘，情节，plyr，ROCR，Rtsne，S4Vectors，嘘，scMerge(> = 1.2.0),食物，修拉(> = 3.1.3),闪亮的，shinyjs，单，SoupX，股东价值分析，reshape2，shinyalert，circlize，enrichR，celda，shinycssloaders，DropletUtils，scds(> = 1.2.0),网状(>= 1.14)，工具，tximport，鱼池，withr，GSEABase，R.utils，zinbwave，scRNAseq(> = 2.0.2),TENxPBMCData，yaml，rmarkdown，magrittr，scDblFinder，metap，VAM(> = 0.5.3),宠物猫，rlang，TSCAN，TrajectoryUtils，天窗， utils，统计
链接
建议	testthat，Rsubread，BiocStyle，knitr，lintr，拼写，org.Mm.eg.db，stringr，kableExtra，shinythemes，shinyBS，shinyjqui，shinyWidgets，shinyFiles，BiocGenerics，RColorBrewer，fastmap(>= 1.1.0)，和谐
SystemRequirements
增强了
URL	https://www.camplab.net/sctk/
BugReports	https://github.com/compbiomed/singleCellTK/issues
全靠我
进口我
建议我	celda
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	singleCellTK_2.8.0.tar.gz
Windows二进制	singleCellTK_2.8.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	singleCellTK_2.8.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/singleCellTK
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/singleCellTK
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/singleCellTK/
软件包下载报告	下载数据