simplifyEnrichment

DOI:10.18129 / B9.bioc.simplifyEnrichment

简化功能富集结果

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该程序包实现了一种新的聚类算法“二叉切”，用于聚类函数项的相似矩阵。它还提供了可视化、汇总和比较聚类的函数。

作者:顾祖光[aut, cre]

维护者:祖光谷

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“simplifyEnrichment”)

超文本标记语言	R脚本	一个闪亮的应用程序交互可视化聚类结果
超文本标记语言	R脚本	简化功能富集结果
超文本标记语言	R脚本	单词云注释
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文本		许可证

细节

biocViews	聚类，去，GeneSetEnrichment，软件，可视化
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.6.0)，BiocGenerics、网格
进口	GOSemSim，ComplexHeatmap(> =第2.7.4),circlize，GetoptLong，消化，tm，GO.db，org.Hs.eg.db，AnnotationDbi，大满贯、方法、线索， grDevices，图形，统计，utils，proxyC，矩阵，集群(> = 1.14.2),色彩，GlobalOptions(> = 0.1.0)
链接
建议	knitr，ggplot2，cowplot，mclust，apcluster，制程，dbscan，igraph，gridExtra，dynamicTreeCut，testthat，gridGraphics，clusterProfiler，msigdbr，剂量，DO.db，reactome.db，flexclust，BiocManager，InteractiveComplexHeatmap(> = 0.99.11),闪亮的，shinydashboard，可乐，hu6800.db，rmarkdown，genefilter，gridtext，fpc
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jokergoo/simplifyEnrichmenthttps://simplifyEnrichment.github.io
全靠我
进口我
建议我	可乐，InteractiveComplexHeatmap
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	simplifyEnrichment_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	simplifyEnrichment_1.8.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	simplifyEnrichment_1.8.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	simplifyEnrichment_1.7.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/simplifyEnrichment
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/simplifyEnrichment
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/simplifyEnrichment/
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