simpleSingleCell

DOI:10.18129 / B9.bioc.simpleSingleCell

低级的循序渐进的工作流分析单细胞与Bioconductor RNA-seq数据

Bioconductor版本:版本(3.17)

一次骄傲的工作流包,这是现在一个shell大不如前了。几乎所有的内容已经抽调了用于“与Bioconductor编排单细胞分析”书在https://osca.bioconductor.org。这里的大多数小插曲被保留的提醒曾经的荣耀,也提供现有的外部链接重定向到相关的OSCA书章节。

作者:亚伦Lun (aut (cre),戴维斯麦卡锡(aut),约翰Marioni (aut)

维护人员:亚伦Lun < infinite.monkeys.with。键盘在gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“simpleSingleCell”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“simpleSingleCell”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“simpleSingleCell”)

HTML 01。介绍
HTML 02。读计数数据
HTML 03。UMI计数数据
HTML 04。Droplet-based数据
HTML 05。纠正批处理效果
HTML 06。质量控制细节
HTML 07年。在归一化
HTML 08年。检测对比
HTML 09年。先进的方差模型
HTML 10。检测微分表达式
HTML 11。先进的批处理校正
HTML 12。大数据的可伸缩性
HTML R脚本 13。进一步分析策略

细节

biocViews ImmunoOncologyWorkflow,SingleCellWorkflow,工作流
版本 1.24.0
许可证 艺术- 2.0
取决于
进口 跑龙套,方法、knitr callr、rmarkdown CodeDepends,BiocStyle
链接
建议 readxl R.utils,SingleCellExperiment,,食物,limma,BiocFileCache,org.Mm.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL //www.anjoumacpherson.com/help/workflows/simpleSingleCell/
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 simpleSingleCell_1.24.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/simpleSingleCell
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ simpleSingleCell
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/simpleSingleCell/
包下载报告 下载数据

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