similaRpeak

DOI:10.18129 / B9.bioc.similaRpeak

指标来估计两个ChIP-Seq概要文件之间的相似程度

Bioconductor版本:版本(3.17)

这个包计算指标量化ChIP-Seq概要文件之间的相似程度。更具体地说,这个包实现六个伪度量专业模式相似性检测ChIP-Seq概要文件。

作者:阿斯特丽德Deschenes (cre, aut),埃尔莎Bernatchez (aut),查尔斯·乔利Beauparlant (aut),法比克劳德无痛分娩法(aut) Rawane Samb (aut),帕斯卡Belleau (aut) Arnaud所有权(aut)

维护人员:阿斯特丽德Deschenes < adeschen hotmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“similaRpeak”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“similaRpeak”)

HTML	R脚本	两个ChIP-Seq配置文件之间的相似性
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiologicalQuestion,ChIPSeq,DifferentialExpression,遗传学,MultipleComparison,软件
版本	1.32.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R6 (> = 2.0)
进口	统计数据
链接
建议	RUnit,BiocGenericsknitr,Rsamtools,GenomicAlignments,rtracklayerrmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/adeschen/similaRpeak
BugReports	https://github.com/adeschen/similaRpeak/issues
取决于我
进口我
建议我	metagene
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	similaRpeak_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	similaRpeak_1.32.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	similaRpeak_1.32.0.tgz
macOS二进制(arm64)	similaRpeak_1.32.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/similaRpeak
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ similaRpeak
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/similaRpeak/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/similaRpeak/
包下载报告	下载数据